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- PDB-2ghu: Crystal structure of falcipain-2 from Plasmodium falciparum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ghu
タイトルCrystal structure of falcipain-2 from Plasmodium falciparum
要素falcipain 2
キーワードHYDROLASE / papain-like cysteine protease / L-domain / R-domain / alpha helix / random coil / twisted antiparallel beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hogg, T. / Nagarajan, K. / Schmidt, C.L. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural and Functional Characterization of Falcipain-2, a Hemoglobinase from the Malarial Parasite Plasmodium falciparum.
著者: Hogg, T. / Nagarajan, K. / Herzberg, S. / Chen, L. / Shen, X. / Jiang, H. / Wecke, M. / Blohmke, C. / Hilgenfeld, R. / Schmidt, C.L.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: falcipain 2
B: falcipain 2
C: falcipain 2
D: falcipain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7474
ポリマ－108,7474
非ポリマー00
水72140
1
A: falcipain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1871
ポリマ－27,1871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: falcipain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1871
ポリマ－27,1871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: falcipain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1871
ポリマ－27,1871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: falcipain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1871
ポリマ－27,1871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.830, 168.280, 178.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is presumed to be a monomer.

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要素

#1: タンパク質
falcipain 2


分子量: 27186.672 Da / 分子数: 4 / 断片: Mature wild-type enzyme (residues 1-241) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9N6S8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.4-0.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8045 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月20日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→76.03 Å / Num. obs: 40840 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.04→3.2 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4411 / % possible all: 71.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MIXED MODEL DERIVED FROM PDB ENTRY 1S4V

1s4v


解像度: 3.1→40 Å / Isotropic thermal model: grouped / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2010 -random
Rwork0.231 ---
all-39960 --
obs-37950 99.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2--2.25 Å20 Å2
3----3.043 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7614 0 0 40 7654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 323 -
Rwork0.397 --
obs-6561 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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