PDB-2gh0: Growth factor/receptor complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gh0

タイトル

Growth factor/receptor complex

要素

GDNF family receptor alpha-3
artemin

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / cystine-knot / helix bundle / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / Peyer's patch morphogenesis / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / axon guidance receptor activity / peripheral nervous system development / sympathetic nervous system development / induction of positive chemotaxis / NCAM1 interactions ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Wang, X.Q.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure of Artemin Complexed with Its Receptor GFRalpha3: Convergent Recognition of Glial Cell Line-Derived Neurotrophic Factors.
著者: Wang, X. / Baloh, R.H. / Milbrandt, J. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2006年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gh0.cif.gz	134.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gh0.ent.gz	104 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gh0_validation.pdf.gz	843.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gh0_full_validation.pdf.gz	860.2 KB	表示
XML形式データ	2gh0_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	2gh0_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/2gh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/2gh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gyrC 2gyzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fl4-3 5c56-d 6lni-d 5ktg-d 1n3e-d 6arq-d 4qcc-d 2ylm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #101 - 2008年5月プリオン (Prions) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)
#101 - 2008年5月
プリオン (Prions)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

C: artemin

D: artemin

A: GDNF family receptor alpha-3

B: GDNF family receptor alpha-3

ヘテロ分子

70.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.678, 41.460, 119.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

artemin

分子量: 10957.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5T4W7

#2: タンパク質

GDNF family receptor alpha-3 / GFR-alpha-3

分子量: 23778.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRA3 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60609

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Imidazole buffer, 0.1 M MgCl2, and 20% (v/v) ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月10日
放射	モノクロメーター: double crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 54357 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 7.281 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26294	2740	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21946	-	-	-
all	0.2412	51723	-	-
obs	0.22164	51067	98.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.509 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	1.25 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4570	0	75	236	4881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.824	1.995	6480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.834	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.05	21.373	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.573	15	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.174	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.27	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.28	1.5	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.889	2	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.51	3	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.082	4.5	1678

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	199	-
R_work	0.266	3720	-
obs	-	-	97.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6553	2.9855	-3.2632	2.219	-2.1412	2.2951	0.037	0.01	0.1615	-0.085	0.0077	0.1062	-0.017	-0.1241	-0.0447	-0.0377	-0.1372	-0.0224	0.0668	-0.0412	-0.068	5.9776	-7.6124	-29.7207
2	2.384	1.007	-0.4526	2.127	-0.4072	2.2184	0.18	-0.2985	0.1297	0.2095	-0.1943	0.0544	-0.0857	0.0584	0.0143	-0.0927	-0.0439	-0.0038	-0.201	-0.019	-0.1727	45.1435	15.6	-46.305
3	2.4516	0.5799	-0.2269	1.8491	-0.2914	3.848	-0.1621	0.0197	-0.1755	0.0529	0.0732	-0.2208	0.1403	0.0176	0.0889	-0.1618	0.0126	-0.0412	-0.0712	-0.0421	-0.0709	-22.9561	-29.2393	2.8018

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	A	120 - 219	1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	1	D	B	121 - 219	2 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	158 - 357	8 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	E	100 - 104	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	D	159 - 357	9 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	F	1100	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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