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Yorodumi- PDB-2gcg: Ternary Crystal Structure of Human Glyoxylate Reductase/Hydroxypy... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2gcg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Ternary Crystal Structure of Human Glyoxylate Reductase/Hydroxypyruvate Reductase | ||||||
Components | Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / NAD(P) Rossmann Fold / Formate/Glycerate Dehydrogenase Substrate-Binding Domain | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdicarboxylic acid metabolic process / hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity / hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / glyoxylate metabolic process / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / carboxylic acid binding ...dicarboxylic acid metabolic process / hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity / hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / glyoxylate metabolic process / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / carboxylic acid binding / carboxylic acid metabolic process / peroxisomal matrix / catalytic complex / NADPH binding / NAD binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Booth, M.P.S. / Conners, R. / Rumsby, G. / Brady, R.L. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006Title: Structural basis of substrate specificity in human glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase Authors: Booth, M.P.S. / Conners, R. / Rumsby, G. / Brady, R.L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 2gcg.cif.gz | 275.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2gcg.ent.gz | 223.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2gcg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2gcg_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2gcg_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 2gcg_validation.xml.gz | 59.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 2gcg_validation.cif.gz | 81.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2wwrC ![]() 1gdhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Details | Biological unit is a dimer, 2 dimers are present in the asymmetric unit (A,B and C,D). |
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Components
| #1: Protein | Mass: 35869.363 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pTrcHisB / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-NDP / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 53.4 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 15% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX14.1 / Wavelength: 1.488 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2005 |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.488 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 69070 / % possible obs: 90.3 % / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 7.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 72.3 % / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Num. unique obs: 5483 / Χ2: 0.577 / % possible all: 72.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1GDH Resolution: 2.2→46.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 13.529 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.264 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 33.362 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→46.2 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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Homo sapiens (human)
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