[日本語] English
万見
- PDB-2gbh: NMR structure of stem region of helix-35 of 23S E.coli ribosomal ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gbh
タイトルNMR structure of stem region of helix-35 of 23S E.coli ribosomal RNA (residues 736-760)
要素5'-R(*(GMP)P*GP*GP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*(PSU)P*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*CP*C)-3'
キーワードRNA / RDC / rCSA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Cartesian simulated annealing
データ登録者Bax, A. / Boisbouvier, J. / Bryce, D. / Grishaev, A. / Jaroniec, C. / Miclet, E. / Nikonovicz, E. / O'Neil-Cabello, E. / Ying, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Measurement of five dipolar couplings from a single 3D NMR multiplet applied to the study of RNA dynamics.
著者: O'Neil-Cabello, E. / Bryce, D.L. / Nikonowicz, E.P. / Bax, A.
履歴
登録2006年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*(GMP)P*GP*GP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*(PSU)P*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6381
ポリマ－7,6381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 5all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*(GMP)P*GP*GP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*(PSU)P*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量: 7637.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this RNA naturally exists in 23S Ribosomal RNA of E.Coli.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: RDC measurement

-
試料調製

詳細内容: 1.5mM helix-35psi U-15N,13C; 17mM NaCl, 17mM phosphate buffer; 99% D2O
溶媒系: 99% D2O
試料状態イオン強度: 17 mM NaCl, 17 mM phosphate / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

-
解析

NMR software名称: Xplor-NIH / バージョン: 2.9.4 / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore / 分類: 精密化
精密化手法: Cartesian simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Experimental restraints for the helix-35 stem are 277 RDCs, 13 31P anisotropic shifts, 41 dihedral angles and 188 NOEs. During the refinement the geometries of selected ribose rings were kept ...詳細: Experimental restraints for the helix-35 stem are 277 RDCs, 13 31P anisotropic shifts, 41 dihedral angles and 188 NOEs. During the refinement the geometries of selected ribose rings were kept identical with the NCS restraint terms. Attractive non-bonded potentials were employed. No database-derived terms were used. The parameter file was modified with nucleotide type-specific values for distances, angles and improper torsions. Cross-validation statistics on the groups of 1/4 of ribose 1-bond C-H RDCs corresponds to an average Q-factor of 0.135.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 5 / 登録したコンフォーマーの数: 5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る