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- PDB-2gaj: Structure of Full Length Topoisomerase I from Thermotoga maritima... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gaj
タイトルStructure of Full Length Topoisomerase I from Thermotoga maritima in monoclinic crystal form
要素DNA topoisomerase I
キーワードISOMERASE / Topoisomerase / Zinc ribbon
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA ...DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hansen, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Full Length Topoisomerase I from Thermotoga maritima
著者: Hansen, G. / Harrenga, A. / Wieland, B. / Schomburg, D. / Reinemer, P.
履歴
登録2006年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase I
B: DNA topoisomerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6142
ポリマ－145,6142
非ポリマー00
水15,799877
1
A: DNA topoisomerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8071
ポリマ－72,8071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA topoisomerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8071
ポリマ－72,8071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.049, 142.714, 127.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase I / Omega-protein / Relaxing enzyme / Untwisting enzyme / Swivelase


分子量: 72806.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: topA / プラスミド: pET28a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46799, DNA topoisomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 34 % Jeffamine M-600, 100 mM MES/NaOH, 64 mM Sodium Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2815 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45 Å / Num. all: 116615 / Num. obs: 116615 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GAI

2gai


解像度: 1.95→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.601 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 5837 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.197 116577 --
obs0.197 110740 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å2-0.47 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9428 0 0 877 10305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229602
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9991.97712890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.082320882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg651158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.21723.779434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.918151902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9011572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.28767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.24581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.25776
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4351.57544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2651.52354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56929388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91934514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2824.53502
LS精密化 シェル最高解像度: 1.95 Å / Num. reflection Rwork: 8003 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4572-0.02530.13830.66810.53531.6666-0.00920.07870.0697-0.10530.00030.0137-0.1308-0.04380.0089-0.1932-0.01430.025-0.11340.0261-0.09442.955571.748567.5442
20.45210.03560.07890.6671-0.43831.4088-0.0122-0.06790.06350.09020.013-0.0306-0.1160.0162-0.0007-0.20080.0190.022-0.131-0.0245-0.1-13.439971.7349123.071
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 7 - 601 / Label seq-ID: 7 - 601

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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