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万見
- PDB-2g9f: Crystal structure of intein-tagged mouse PNGase C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g9f
タイトルCrystal structure of intein-tagged mouse PNGase C-terminal domain
要素peptide N-glycanase
キーワードHYDROLASE / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / glycoprotein catabolic process / positive regulation of BMP signaling pathway / extracellular matrix / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PAW domain / Peptide N glycanase, PAW domain / PAW domain superfamily / PNGase C-terminal domain, mannose-binding module PAW / PAW domain profile. / domain present in PNGases and other hypothetical proteins / : / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain ...PAW domain / Peptide N glycanase, PAW domain / PAW domain superfamily / PNGase C-terminal domain, mannose-binding module PAW / PAW domain profile. / domain present in PNGases and other hypothetical proteins / : / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhou, X. / Zhao, G. / Wang, L. / Li, G. / Lennarz, W.J. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural and biochemical studies of the C-terminal domain of mouse peptide-N-glycanase identify it as a mannose-binding module.
著者: Zhou, X. / Zhao, G. / Truglio, J.J. / Wang, L. / Li, G. / Lennarz, W.J. / Schindelin, H.
履歴
登録2006年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide N-glycanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1774
ポリマ－22,9581
非ポリマー2203
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.760, 40.760, 193.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CL

21A-1-

HOH

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要素

#1: タンパク質 peptide N-glycanase / PNGase


分子量: 22957.562 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngly1 / プラスミド: pTXB1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: GenBank: 30517852, UniProt: Q9JI78*PLUS, peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 14-16% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 120 mM MgCl2 and 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.0055 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月2日
放射モノクロメーター: Channel cut Si (111) / プロトコル: SIRAS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0055 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 15560 / Num. obs: 15560 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 765 / Rsym value: 0.622 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.882 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21265 14827 5 %RANDOM
Rwork0.1668 ---
all0.16895 15560 --
obs0.16895 15560 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.452 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.135 Å0.139 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 0 13 98 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.9312036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19433100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9485179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76723.95181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55315273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9341513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.2950
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2590.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0811.51162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2161.5373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28621432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3013750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2324.5604
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 58 -
Rwork0.188 1058 -
obs--97.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
126.11179.2852-10.304910.4793-3.79938.26480.03071.5556-0.0488-1.7482-0.12510.20550.5494-0.34290.09440.37660.13750.14590.31410.0091-0.34620.19819.80874.3342
24.5578-1.0693-1.81541.97160.74184.5590.18750.75070.3466-0.6318-0.04990.0504-0.3451-0.1686-0.13760.0182-0.001-0.0192-0.07330.0722-0.14529.951716.135814.7683
33.08330.0943-0.44655.6553-1.07233.3569-0.02090.3788-0.1491-0.53450.0620.31670.0793-0.1243-0.0411-0.1461-0.0284-0.0683-0.2324-0.0027-0.23069.37817.475321.0233
44.44920.0293-2.09552.5654-1.88494.2138-0.06410.56520.0832-0.4955-0.0194-0.30620.36620.28790.0834-0.0772-0.02170.0502-0.1076-0.0427-0.16621.920410.225219.5277
520.2763-6.8999-11.15552.39134.731926.3651-0.6560.3856-0.9164-0.07850.10130.28582.21430.54620.5548-0.06620.01590.055-0.2042-0.0472-0.134120.55214.316223.4944
63.2503-0.602-1.49157.45723.424210.0211-0.08150.5021-0.2882-0.3422-0.1208-0.48730.72680.7970.2023-0.09110.06030.0824-0.0407-0.0093-0.077227.50357.970620.5119
732.71273.5422-35.931.6648-6.321344.0753-0.33780.2068-0.6796-0.4783-0.1942-0.11520.70850.72550.532-0.0579-0.02990.0006-0.1789-0.069-0.236317.59315.083720.2882
810.9379-5.02050.852213.3533-4.286.5419-0.1082-0.5905-0.24890.27240.52811.0832-0.1753-0.6819-0.4199-0.20080.00750.0103-0.22840.0201-0.10533.77355.821433.9342
96.98-1.84-0.68310.8895-2.53386.85520.11070.64110.8584-0.42830.055-0.3624-0.7924-0.0195-0.1657-0.0758-0.0034-0.0013-0.22780.0287-0.11439.700919.318624.7685
1029.2643-11.9105-14.20648.44225.921212.85220.09381.682-0.5726-1.0187-0.5043-0.24350.27520.34330.41050.17710.07550.20970.21480.0149-0.11827.744511.784410.5651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA472 - 49022 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2AA491 - 53341 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3AA534 - 55384 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4AA554 - 578104 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5AA579 - 583129 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6AA584 - 608134 - 158
7X-RAY DIFFRACTION7AA609 - 615159 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8AA616 - 624166 - 174
9X-RAY DIFFRACTION9AA625 - 641175 - 191
10X-RAY DIFFRACTION10AA642 - 651192 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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