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万見
- PDB-2g6f: Crystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g6f
タイトルCrystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a High Affinity Peptide from PAK2
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain / Peptide Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule nucleation / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle ...negative regulation of microtubule nucleation / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / postsynaptic actin cytoskeleton organization / RHOA GTPase cycle / storage vacuole / astrocyte cell migration / positive regulation of growth hormone secretion / gamma-tubulin binding / lamellipodium assembly / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic spindle pole / Golgi organization / hematopoietic progenitor cell differentiation / Rho protein signal transduction / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / GABA-ergic synapse / lamellipodium / growth cone / cell cortex / neuron projection / postsynapse / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / neuronal cell body / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain ...Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / Rho guanine nucleotide exchange factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.92 Å
データ登録者Hoelz, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a High Affinity Peptide from PAK2
著者: Hoelz, A. / Janz, J.M. / Lawrie, S.D. / Corwin, B. / Lee, A. / Sakmar, T.P.
履歴
登録2006年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8922
ポリマ－6,7311
非ポリマー1611
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.377, 31.427, 28.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-213-

HOH

21X-266-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / PAK-interacting exchange factor beta / Beta-Pix


分子量: 6731.333 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain(residues 10-63) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arhgef7, Pak3bp, Pixb / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55043
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M HEPES, 53% MPD, 200mM [Co(NH3)]Cl3, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979191 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.92→30 Å / Num. all: 46091 / Num. obs: 46091 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 0.92 Å / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.92→28.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.547 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19896 2160 5 %RANDOM
Rwork0.18419 ---
all0.185 46091 --
obs0.18493 40642 92.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.92→28.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数922 0 25 309 1256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0541.914682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6623975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.655558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90623.57128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.6031574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.32154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1690.276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.10.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1911.5379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4881.5126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4412464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7893298
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9394.5215
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.44331271
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.4543103
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.4133907
LS精密化 シェル解像度: 0.92→0.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 154 -
Rwork0.384 2757 -
obs--87.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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