ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | EPMR | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1K6F 解像度: 1.8→18.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 409321.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.292 | 442 | 10.7 % | RANDOM |
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Rwork | 0.272 | - | - | - |
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all | 0.275 | 5300 | - | - |
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obs | 0.275 | 4131 | 75.2 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.0097 Å2 / ksol: 0.365711 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 4.02 Å2 | 0 Å2 | 0.23 Å2 |
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2- | - | 3.38 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -7.39 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.29 Å | 0.29 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.15 Å | 0.24 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.92 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 515 | 0 | 0 | 152 | 667 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.016 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d19.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d3.47 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.324 | 39 | 10.4 % |
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Rwork | 0.411 | 337 | - |
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obs | - | - | 42.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep9.paramprotein4.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water.paramwater.top | | | |
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