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万見
- PDB-2g60: Structure of anti-FLAG M2 Fab domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g60
タイトルStructure of anti-FLAG M2 Fab domain
要素
  • anti-FLAG M2 Fab heavy chain
  • anti-FLAG M2 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab domain / anti-FLAG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LOC367586 protein / Kappa light chain C_region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Roosild, T.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of anti-FLAG M2 Fab domain and its use in the stabilization of engineered membrane proteins.
著者: Roosild, T.P. / Castronovo, S. / Choe, S.
履歴
登録2006年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-FLAG M2 Fab light chain
H: anti-FLAG M2 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6262
ポリマ－45,6262
非ポリマー00
水6,918384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.36, 133.76, 41.48
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 anti-FLAG M2 Fab light chain


分子量: 23670.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q65ZC0
#2: 抗体 anti-FLAG M2 Fab heavy chain


分子量: 21955.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5BJZ2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月17日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 46087 / Num. obs: 42538 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible obs: 58.9 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Num. unique obs: 2659 / Χ2: 0.659 / % possible all: 58.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.533 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.293
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å41.52 Å
Translation3 Å41.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / FOM work R set: 0.787 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.278 2033 RANDOM
Rwork0.235 --
all0.237 40450 -
obs0.237 40450 -
原子変位パラメータBiso mean: 45.606 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 0 384 3518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0199
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.074
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 40

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.85-1.870.31370.294664701
1.87-1.880.353460.288711757
1.88-1.90.326350.296739774
1.9-1.920.248340.283737771
1.92-1.930.371410.279789830
1.93-1.950.302360.253830866
1.95-1.970.322610.275881942
1.97-1.990.282380.258860898
1.99-2.010.352540.278931985
2.01-2.040.285620.2659601022
2.04-2.060.289570.25410021059
2.06-2.080.268590.2489801039
2.08-2.110.345470.259761023
2.11-2.140.26470.2389911038
2.14-2.160.298530.25610081061
2.16-2.190.35400.25510341074
2.19-2.220.286580.2399701028
2.22-2.260.293510.2649931044
2.26-2.290.328510.25510081059
2.29-2.330.329570.2419871044
2.33-2.370.384460.26910061052
2.37-2.410.309560.2510011057
2.41-2.460.34620.25710081070
2.46-2.510.372440.2489801024
2.51-2.570.332540.22810241078
2.57-2.630.277510.2510081059
2.63-2.690.294500.2489941044
2.69-2.760.27440.22910481092
2.76-2.840.244470.2129951042
2.84-2.940.358560.24310161072
2.94-3.040.303520.24110021054
3.04-3.160.259520.21510211073
3.16-3.310.287520.23110021054
3.31-3.480.283440.24710461090
3.48-3.70.3590.22610021061
3.7-3.990.199630.20310261089
3.99-4.390.199550.19910361091
4.39-5.020.208680.19610151083
5.02-6.330.362550.23410641119
6.33-500.010.286590.26910721131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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