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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g4r | ||||||
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タイトル | anomalous substructure of MogA | ||||||
要素 | molybdopterin biosynthesis Mog protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / anomalous substructure of MogA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007 タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths. 著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g4r.cif.gz | 93.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g4r.ent.gz | 72 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g4r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2g4hC 2g4iC 2g4jC 2g4kC 2g4lC 2g4mC 2g4nC 2g4oC 2g4pC 2g4qC 2g4sC 2g4tC 2g4uC 2g4vC 2g4wC 2g4xC 2g4yC 2g4zC 2g51C 2g52C 2g55C 2illC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16203.224 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mog / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 13880438, UniProt: O53877*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→30 Å / Num. obs: 25758 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.92→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 8.973 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.702 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.9453 Å / Origin y: 3.7901 Å / Origin z: 35.1939 Å
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精密化 TLSグループ |
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