PDB-2g4n: Anomalous substructure of alpha-lactalbumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g4n

タイトル

Anomalous substructure of alpha-lactalbumin

要素

Alpha-lactalbumin

キーワード

ALLERGEN / anomalous substructure of alpha-lactalbumin

機能・相同性

機能・相同性情報

response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2006年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g4n.cif.gz	151.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g4n.ent.gz	128.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g4n_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g4n_full_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示
XML形式データ	2g4n_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	2g4n_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g4hC 2g4iC 2g4jC 2g4kC 2g4lC 2g4mC 2g4oC 2g4pC 2g4qC 2g4rC 2g4sC 2g4tC 2g4uC 2g4vC 2g4wC 2g4xC 2g4yC 2g4zC 2g51C 2g52C 2g55C 2illC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v7t-1 1f6s-5 1f6s-6 4d9z-d 1f6s-4 2x89-4 1hfx-d 2h9j-d 4owh-d 5njs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-lactalbumin

B: Alpha-lactalbumin

C: Alpha-lactalbumin

D: Alpha-lactalbumin

E: Alpha-lactalbumin

F: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

85.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.430, 104.800, 119.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-208- K
2	1	B-207- K

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	A
8	1	B
9	1	C
10	1	D
11	1	E
12	1	F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLN	A	A	1 - 43	1 - 43
2	1	GLU	GLN	B	B	1 - 43	1 - 43
3	1	GLU	GLN	C	C	1 - 43	1 - 43
4	1	GLU	GLN	D	D	1 - 43	1 - 43
5	1	GLU	GLN	E	E	1 - 43	1 - 43
6	1	GLU	GLN	F	F	1 - 43	1 - 43
7	2	SER	CYS	A	A	47 - 111	47 - 111
8	2	SER	CYS	B	B	47 - 111	47 - 111
9	2	SER	CYS	C	C	47 - 111	47 - 111
10	2	SER	CYS	D	D	47 - 111	47 - 111
11	2	SER	CYS	E	E	47 - 111	47 - 111
12	2	SER	CYS	F	F	47 - 111	47 - 111

#1: タンパク質	Alpha-lactalbumin / Lactose synthase B protein / Allergen Bos d 4 分子量: 14202.048 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00711
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.91 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 35381 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 21.286 / SU ML: 0.261 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.522 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35933	722	2 %	RANDOM
R_work	0.29597	-	-	-
obs	0.29731	34659	91.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.847 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5856	0	8	74	5938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	6000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.053	1.935	8142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.174	3	11970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.834	5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.257	26.531	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.183	15	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	32.394	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.152	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.197	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.36	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.249	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.234	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.248	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.031	1.5	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.287	1.5	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.939	2.5	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.987	5	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.844	10	2280

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	639	medium positional	0.17	0.5
2	B	639	medium positional	0.17	0.5
3	C	639	medium positional	0.16	0.5
4	D	639	medium positional	0.16	0.5
5	E	639	medium positional	0.21	0.5
6	F	639	medium positional	0.21	0.5
1	A	987	loose positional	0.49	5
2	B	987	loose positional	0.53	5
3	C	987	loose positional	0.52	5
4	D	987	loose positional	0.49	5
5	E	987	loose positional	0.52	5
6	F	987	loose positional	0.56	5
1	A	639	medium thermal	1.66	2.5
2	B	639	medium thermal	1.55	2.5
3	C	639	medium thermal	1.04	2.5
4	D	639	medium thermal	1.13	2.5
5	E	639	medium thermal	1.03	2.5
6	F	639	medium thermal	1.1	2.5
1	A	987	loose thermal	3.46	10
2	B	987	loose thermal	3.05	10
3	C	987	loose thermal	2.86	10
4	D	987	loose thermal	2.71	10
5	E	987	loose thermal	2.62	10
6	F	987	loose thermal	2.61	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.526	60	-
R_work	0.373	2589	-
obs	-	-	94.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1009	3.8805	-1.6486	5.2728	-0.8839	3.5444	0.6147	-0.6539	1.1275	0.6858	-0.4276	0.4059	-0.4577	-0.0765	-0.1871	-0.0553	-0.0453	0.0784	-0.1827	-0.0968	-0.0562	22.6305	1.802	17.9582
2	8.4567	4.1417	-2.1971	4.2385	-0.7026	2.7546	0.8637	-0.6926	1.0871	0.4117	-0.5983	0.5185	-0.1922	0.0502	-0.2654	-0.1414	-0.1007	0.1177	-0.1491	-0.0929	-0.026	22.6217	1.8214	77.5223
3	4.1805	0.8413	-0.9944	3.3387	0.4387	4.1098	0.0132	0.0435	-0.0856	-0.1279	-0.0136	-0.0351	0.2778	-0.0716	0.0004	-0.179	0.0117	0.0047	-0.2165	-0.0016	-0.1939	31.0118	41.152	80.715
4	4.0192	0.8689	-0.7886	3.346	0.4719	4.1589	0.0006	0.0283	-0.0879	-0.1066	0.0015	-0.0336	0.2599	-0.0689	-0.0021	-0.1741	0.0146	0.0009	-0.2226	-0.006	-0.1898	31.0033	41.1302	21.1526
5	3.1515	-0.523	-2.9683	8.6532	3.7437	7.1443	0.3554	0.3207	0.0753	-0.4928	-0.1769	-0.0191	-0.5064	-0.362	-0.1785	-0.1516	0.0317	0.0242	-0.1316	-0.0162	-0.1183	44.9325	22.3716	58.6802
6	3.3823	-0.6176	-2.8745	8.5425	3.7631	6.8239	0.365	0.3545	0.0861	-0.4922	-0.2308	-0.0207	-0.4707	-0.3981	-0.1342	-0.1471	0.0373	0.0245	-0.1266	-0.0122	-0.1255	44.9356	22.3434	118.2378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 122	1 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 122	1 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 122	1 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 122	1 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 122	1 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 122	1 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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