PDB-2g4g: Crystal structure of human transthyretin at pH 4.6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g4g

タイトル

Crystal structure of human transthyretin at pH 4.6

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TTR / amyloid fibrils formation / point mutations

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Pasquato, N. / Folli, C. / Berni, R. / Zanotti, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Acidic pH-induced conformational changes in amyloidogenic mutant transthyretin.
著者: Pasquato, N. / Berni, R. / Folli, C. / Alfieri, B. / Cendron, L. / Zanotti, G.

履歴

登録	2006年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g4g.cif.gz	61.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g4g.ent.gz	46.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g4g_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g4g_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	2g4g_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	2g4g_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g3xC 2g3zC 2g4eC 2noyC 1f41S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2noy-1 4pvl-1 6e75-1 1iii-1 3p3t-1 5akv-1 4pwe-1 4pvn-1 6e76-1 1ijn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

A: Transthyretin

B: Transthyretin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.597, 85.953, 63.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-141- HOH

詳細

The biological assembly is a homo-tetramer, obtained by rotation of the asymmetric unit around the crystallographic two-fold axis (-x,-y,z)

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR

分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02766

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15% PEG monomethyl ether, 0.1M ammonium sulphate, 50mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月4日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→35.6 Å / Num. obs: 17809 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.363 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: 1F41

1f41

解像度: 1.85→35.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 2.934 / SU ML: 0.092 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	922	5.1 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.212	17809	87.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.358 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1785	0	0	150	1935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.049	1.943	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.285	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.199	23.494	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.529	15	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.259	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.3	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.5	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.3	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.4	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.965	2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.66	3	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.033	2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.592	3	665
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	67	-
R_work	0.293	1230	-
obs	-	-	87.4 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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