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万見
- PDB-2g1w: NMR structure of the Aquifex aeolicus tmRNA pseudoknot PK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g1w
タイトルNMR structure of the Aquifex aeolicus tmRNA pseudoknot PK1
要素5'-R(*GP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3'
キーワードRNA / tmRNA / PK1 / pseudoknot / trans-translation
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / CNS dynamical annealing protocol for nucleic acids
データ登録者Nonin-Lecomte, S. / Dardel, F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: NMR structure of the Aquifex aeolicus tmRNA pseudoknot PK1: new insights into the recoding event of the ribosomal trans-translation.
著者: Nonin-Lecomte, S. / Felden, B. / Dardel, F.
履歴
登録2006年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0641
ポリマ－7,0641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*G)-3'


分子量: 7064.258 Da / 分子数: 1 / 変異: C1G, G13C / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this RNA naturally exists in Aquifex aeolicus (Bacteria)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D NOESY
221HCN, 1H 13C HSQC, 1H 13C constant time HSQC, 1H 13C long-range HSQC, (H)CCH-TOCSY, (H)CCH E.COSY, HCC-TOCSY-CCH-E.COSY, 3D NOESY-HSQC
131HMBC, 1H 15N TROSY, 2JNN HNN-COSY, 2JNH HNN-COSY, 3D NOESY-HMBC
2422D NOESY, TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM 13C,15N PK1, 50mM NaCl, 0.5 mM EDTA95%H2O-5%D2O and 100% D2O
21mM unlabeled PK1, 50mM NaCl, 0.5 mM EDTA95%H2O-5%D2O and 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl 6.3ambient 278 K
250mM NaCl 6.3ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMR3.1Brukercollection
Felix2000.1MSI Inc.データ解析
CNS1.1Brunger, Adams,Clore, DeLano,Gross, Grosse-Kunstleve, Jiang, Kuzewski, Nilges, Pannu, Read, Rice, Simmonson, Warren精密化
MOLMOL2K.1Reto Koradiデータ解析
精密化手法: CNS dynamical annealing protocol for nucleic acids / ソフトェア番号: 1
詳細: A- dynamical annealing protocol: 1. TAMD 30 ps at 20000K 2. first cooling stage TAMD 40ps 3. second slow cooling annealing stage, restrained molecular dynamics 35ps. 4. 10 cycles of energy ...詳細: A- dynamical annealing protocol: 1. TAMD 30 ps at 20000K 2. first cooling stage TAMD 40ps 3. second slow cooling annealing stage, restrained molecular dynamics 35ps. 4. 10 cycles of energy minimization of 300 steps each. B- Energy minimization: 1-TAMD 10ps at 300K, 2- cooling over 9 ps and 10 Powell cycles of 800 steps each.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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