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- PDB-2g1a: Crystal structure of the complex between Apha class B acid phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g1a
タイトルCrystal structure of the complex between Apha class B acid phosphatase/phosphotransferase
要素Class B acid phosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ACID PHOSPHATASE/PHOSPHOTRANSFERASE / METALLO PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phosphoserine phosphatase activity / 酸性ホスファターゼ / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIB, AphA / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5HG / Class B acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Leone, R. / Calderone, V. / Cappelletti, E. / Benvenuti, M. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the complex between Apha class B acid phosphatase/phosphotransferase
著者: Leone, R. / Calderone, V. / Cappelletti, E. / Benvenuti, M. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The first structure of a bacterial class B Acid phosphatase reveals further structural heterogeneity among phosphatases of the haloacid dehalogenase fold
著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A structure-based proposal for the catalytic mechanism of the bacterial acid phosphatase AphA belonging to the DDDD superfamily of phosphohydrolases.
著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
履歴
登録2006年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class B acid phosphatase
B: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7066
ポリマ－47,1112
非ポリマー5954
水11,512639
1
A: Class B acid phosphatase
B: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
B: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,41112
ポリマ－94,2214
非ポリマー1,1908
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area14690 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area32280 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.914, 66.287, 91.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-978-

HOH

21B-886-

HOH

詳細The biological assembly is a homotetramer. The asymettric unit contain two subunits.

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要素

#1: タンパク質 Class B acid phosphatase


分子量: 23555.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aphA, napA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE22, 酸性ホスファターゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-5HG / {[2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)ETHOXY]METHYL}PHOSPHONIC ACID / アデホビル / アデホビル


分子量: 273.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N5O4P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Drop: aphA 6mg/ml, MG2+ 10mM, PMEA 10mM. Reservoir solution: 50mM Na acetate, 0.6% (w/v) Spermine tetrahydrochloride, 22% PEG6000, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月3日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.7 Å / Num. obs: 30906 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.036 / % possible all: 79.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1N8N

1n8n


解像度: 2→50.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 3.321 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20115 2791 9 %RANDOM
Rwork0.15956 ---
all0.16339 28110 --
obs0.16339 28110 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.36 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 38 639 3963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.954638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8495416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.43624.146164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05515538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4971524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22336
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.52139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12623384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10131473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2594.51254
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.25332
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 161 -
Rwork0.147 1566 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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