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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g1a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between Apha class B acid phosphatase/phosphotransferase | ||||||
![]() | Class B acid phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / ACID PHOSPHATASE/PHOSPHOTRANSFERASE / METALLO PHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-phosphoserine phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leone, R. / Calderone, V. / Cappelletti, E. / Benvenuti, M. / Mangani, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the complex between Apha class B acid phosphatase/phosphotransferase 著者: Leone, R. / Calderone, V. / Cappelletti, E. / Benvenuti, M. / Mangani, S. #1: ![]() タイトル: The first structure of a bacterial class B Acid phosphatase reveals further structural heterogeneity among phosphatases of the haloacid dehalogenase fold 著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. #2: ![]() タイトル: A structure-based proposal for the catalytic mechanism of the bacterial acid phosphatase AphA belonging to the DDDD superfamily of phosphohydrolases. 著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 992.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 995.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1n8nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a homotetramer. The asymettric unit contain two subunits. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23555.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Drop: aphA 6mg/ml, MG2+ 10mM, PMEA 10mM. Reservoir solution: 50mM Na acetate, 0.6% (w/v) Spermine tetrahydrochloride, 22% PEG6000, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月3日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50.7 Å / Num. obs: 30906 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.036 / % possible all: 79.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB code 1N8N 解像度: 2→50.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 3.321 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.313 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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