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万見
- PDB-2g19: Cellular Oxygen Sensing: Crystal Structure of Hypoxia-Inducible F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g19
タイトルCellular Oxygen Sensing: Crystal Structure of Hypoxia-Inducible Factor Prolyl Hydroxylase (PHD2)
要素Egl nine homolog 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHD2 / HIF / DSBH / OXYGENASE / TRANSCRIPTION / HYPOXIA / 2-OXOGLUTARATE / PROLYL HYDROXYLASE / HYDROXYLASE / EGLN / HPH
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / cardiac muscle tissue morphogenesis / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / enzyme inhibitor activity / regulation of angiogenesis / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ferrous iron binding / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / q2cbj1_9rhob like domain ...: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4HG / : / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / COMBINED MAD, 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Syed, R.S. / Li, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Cellular oxygen sensing: Crystal structure of hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase (PHD2).
著者: McDonough, M.A. / Li, V. / Flashman, E. / Chowdhury, R. / Mohr, C. / Lienard, B.M. / Zondlo, J. / Oldham, N.J. / Clifton, I.J. / Lewis, J. / McNeill, L.A. / Kurzeja, R.J. / Hewitson, K.S. / ...著者: McDonough, M.A. / Li, V. / Flashman, E. / Chowdhury, R. / Mohr, C. / Lienard, B.M. / Zondlo, J. / Oldham, N.J. / Clifton, I.J. / Lewis, J. / McNeill, L.A. / Kurzeja, R.J. / Hewitson, K.S. / Yang, E. / Jordan, S. / Syed, R.S. / Schofield, C.J.
履歴
登録2006年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9773
ポリマ－27,5491
非ポリマー4282
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.851, 110.851, 40.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HPH-2 / Prolyl ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 27549.391 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9GZT9, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-4HG / N-[(4-HYDROXY-8-IODOISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE


分子量: 372.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9IN2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.4
詳細: 28% polyethylene glycol 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 100 mM MES buffer with 10 fold molar excess of inhibitor, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 6.40

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE-CRYSTAL, SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48 Å / Num. obs: 30804 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
ALS5.0.2データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: COMBINED MAD, 単一同系置換・異常分散
解像度: 1.7→48 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 373779.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2421 8 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all-30129 --
obs-30129 95.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å2-0.05 Å20 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3---2.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1708 0 20 135 1863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 379 8.3 %
Rwork0.257 4164 -
obs--87.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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