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万見
- PDB-2g03: Structure of a putative cell filamentation protein from Neisseria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g03
タイトルStructure of a putative cell filamentation protein from Neisseria meningitidis.
要素hypothetical protein NMA0004
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / cell filamentation / cell division / chromosome partitioning / Fic protein family / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / : / Protein adenylyltransferase NmFic
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Bargassa, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative cell filamentation protein from Neisseria meningitidis.
著者: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Bargassa, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300Author states that biological unit for the protein is not yet known

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein NMA0004
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0736
ポリマ－22,7731
非ポリマー3005
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.687, 148.687, 75.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein NMA0004


分子量: 22772.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: Fic / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 7378782, UniProt: Q7DDR9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% 2-propanol, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M Calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 24065 / Num. obs: 24065 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
Oモデル構築
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 8.47 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19847 1232 5.1 %RANDOM
Rwork0.18469 ---
all0.18542 22833 --
obs0.18542 22833 93.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.601 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.25 Å2-2.12 Å20 Å2
2---4.25 Å20 Å2
3---6.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1456 0 20 174 1650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9552184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0365198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1924.38289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.44915295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9241512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0411.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50621537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6393716
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6754.5647
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 73 -
Rwork0.251 1395 -
obs--78.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.0094 Å / Origin y: 62.79 Å / Origin z: 0.5799 Å
111213212223313233
T-0.3333 Å2-0.0482 Å2-0.0549 Å2--0.0617 Å2-0.0501 Å2---0.1643 Å2
L6.0924 °2-0.9959 °20.4787 °2-1.9905 °20.8241 °2--2.1953 °2
S0.0647 Å °-0.3783 Å °0.3393 Å °0.0014 Å °0.0577 Å °-0.3108 Å °-0.0852 Å °0.0974 Å °-0.1224 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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