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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2oix | ||||||
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Title | Xanthomonas XopD C470A Mutant | ||||||
![]() | Xanthomonas outer protein D | ||||||
![]() | HYDROLASE / Clan CE Family 48 Cysteine protease / Type III secreted effector / deSUMOylating enzyme / secreted virulence facter / peptidase activity / isopeptidase activity | ||||||
Function / homology | ![]() deNEDDylase activity / protein deneddylation / cysteine-type peptidase activity / proteolysis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Machius, M. / Orth, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural analysis of Xanthomonas XopD provides insights into substrate specificity of ubiquitin-like protein proteases. Authors: Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Mukherjee, S. / Negi, V.S. / Machius, M. / Orth, K. #1: ![]() Title: Evolution of a signalling system that incorporates both redundancy and diversity: Arabidopsis SUMOylation. Authors: Chosed, R. / Mukherjee, S. / Lois, L.M. / Orth, K. #2: ![]() Title: Xanthomonas type III effector XopD targets SUMO-conjugated proteins in planta. Authors: Hotson, A. / Chosed, R. / Shu, H. / Orth, K. / Mudgett, M.B. #3: ![]() Title: Ulp1-SUMO Crystal Structure and Genetic Analysis Reveal Conserved Interactions and a Regulatory Element Essential for Cell Growth in Yeast Authors: Mossessova, E. / Lima, C.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 51.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 37 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 9.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2oivSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20731.051 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: catalytic fragment, inactive mutant (Residues 335-520) Mutation: C470A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 15 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 75 mM KCl, and 0.5 mM DTT and 1.4 - 1.6 M sodium potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2005 / Details: None |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97905 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→25.33 Å / Num. all: 17346 / Num. obs: 17346 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 30.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 77.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2OIV Resolution: 1.8→25.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.85 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.141 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.158 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→25.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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