+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oiv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural Analysis of Xanthomonas XopD Provides Insights Into Substrate Specificity of Ubiquitin-like Protein Proteases | ||||||
![]() | Xanthomonas outer protein D | ||||||
![]() | HYDROLASE / Clan CE Family 48 Cysteine protease / Type III secreted effector / deSUMOylating enzyme / secreted virulence factor / peptidase / isopeptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() deNEDDylase activity / protein deneddylation / cysteine-type peptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Machius, M. / Orth, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of Xanthomonas XopD provides insights into substrate specificity of ubiquitin-like protein proteases. 著者: Chosed, R. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Mukherjee, S. / Negi, V.S. / Machius, M. / Orth, K. #1: ![]() タイトル: Evolution of a signalling system that incorporates both redundancy and diversity: Arabidopsis SUMOylation. 著者: Chosed, R. / Mukherjee, S. / Lois, L.M. / Orth, K. #2: ![]() タイトル: Xanthomonas type III effector XopD targets SUMO-conjugated proteins in planta. 著者: Hotson, A. / Chosed, R. / Shu, H. / Orth, K. / Mudgett, M.B. #3: ![]() タイトル: Ulp1-SUMO Crystal Structure and Genetic Analysis Reveal Conserved Interactions and a Regulatory Element Essential for Cell Growth in Yeast 著者: Mossessova, E. / Lima, C.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 35.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 446.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20763.115 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic fragment (Residues 335-520) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: xopD / プラスミド: pGEX-rTEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 75 mM KCl, and 0.5 mM DTT, 1.4 - 1.6 M sodium potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: NONE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→32.04 Å / Num. all: 14282 / Num. obs: 14282 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.341 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.04 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|