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- PDB-2fzv: Crystal Structure of an apo form of a Flavin-binding Protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fzv
タイトルCrystal Structure of an apo form of a Flavin-binding Protein from Shigella flexneri
要素putative arsenical resistance protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Flavin binding Protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


azobenzene reductase activity / FMN reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
Arsenate resistance ArsH / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADPH-dependent FMN reductase ArsH
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of an apo form of Shigella flexneri ArsH protein with an NADPH-dependent FMN reductase activity
著者: Vorontsov, I.I. / Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Collart, F.R. / Anderson, W.F.
履歴
登録2006年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative arsenical resistance protein
B: putative arsenical resistance protein
C: putative arsenical resistance protein
D: putative arsenical resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8287
ポリマ－124,7174
非ポリマー1113
水20,0151111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area37160 Å2
手法PISA
2
A: putative arsenical resistance protein
B: putative arsenical resistance protein
C: putative arsenical resistance protein
D: putative arsenical resistance protein
ヘテロ分子

A: putative arsenical resistance protein
B: putative arsenical resistance protein
C: putative arsenical resistance protein
D: putative arsenical resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,65614
ポリマ－249,4348
非ポリマー2226
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area26230 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area72800 Å2
手法PISA
3
A: putative arsenical resistance protein
C: putative arsenical resistance protein
ヘテロ分子

A: putative arsenical resistance protein
C: putative arsenical resistance protein
ヘテロ分子

B: putative arsenical resistance protein
D: putative arsenical resistance protein

B: putative arsenical resistance protein
D: putative arsenical resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,65614
ポリマ－249,4348
非ポリマー2226
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+3/41
Buried area22730 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area76300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.821, 117.821, 154.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Chains A,B,C, and D represent biological assembly, which is homo-tetramer.

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要素

#1: タンパク質
putative arsenical resistance protein


分子量: 31179.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / 遺伝子: AAP17869 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: GenBank: 30042143, UniProt: Q7UC03*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.5 M NaCl, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 5ID-B10.94644
シンクロトロンAPS 8-BM20.97949
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2005年11月27日Mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2005年12月11日Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.946441
20.979491
反射解像度: 1.7→29.81 Å / Num. all: 116180 / Num. obs: 116180 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 38.33
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.68 / Num. unique all: 17520 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.595 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Atomic isotropic B-factor refinement
交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24579 5843 5 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
all0.20116 110950 --
obs0.20116 110950 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.033 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7522 0 3 1111 8636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0218198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.96711165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.42251046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.06422.199391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.117151401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.60115104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.24397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.25654
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.21013
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1331.55295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59528275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57333287
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6024.52890
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 408 -
Rwork0.325 7798 -
obs-7798 94.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4536-0.2874-0.38281.5632-0.21491.9757-0.00620.08370.06980.023-0.00250.0785-0.0644-0.09550.0088-0.23890.01890.0038-0.2471-0.0167-0.245622.584822.893261.1305
21.36170.3736-0.17272.73140.07492.5441-0.09880.10480.0351-0.24280.06380.2477-0.0668-0.22060.035-0.10030.0022-0.0217-0.24560.0134-0.161617.433843.565534.0121
31.701-0.1492-0.51361.35880.50122.6801-0.01910.2823-0.1604-0.16340.0175-0.09440.28670.36050.0016-0.16190.07920.0064-0.0814-0.0429-0.191843.704211.245145.0735
42.02730.4595-0.15742.709-0.28872.4031-0.20520.4551-0.5137-0.54540.0994-0.00430.48280.02330.10590.1584-0.04560.0424-0.0761-0.13310.044317.912422.685918.912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 23323 - 257
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 24624 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3CC-8 - 23116 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 24225 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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