PDB-2fzp: Crystal structure of the USP8 interaction domain of human NRDP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fzp

タイトル

Crystal structure of the USP8 interaction domain of human NRDP1

要素

ring finger protein 41 isoform 1

キーワード

LIGASE / E3 Ligase / protein ubiquitination / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of lymphocyte differentiation / interleukin-3 receptor binding / erythropoietin receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / endoplasmic reticulum tubular network / negative regulation of mitophagy / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of MAPK cascade / protein autoubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Amino-terminal Dimerization, NRDP1-Rhodanese Interaction, and Inhibited Catalytic Domain Conformation of the Ubiquitin-specific Protease 8 (USP8).
著者: Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Finerty Jr., P.J. / Mackenzie, F. / Newman, E.M. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2006年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2a9uC 2gfoC 2gwfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oud-d 2meb-d 1ouf-d 1gdx-d 1gbx-d 5e6o-4 2bqj-d 3hwj-2 5e6o-1 2j4t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ring finger protein 41 isoform 1

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.796, 44.262, 88.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ring finger protein 41 isoform 1 / NRDP1 分子量: 16172.340 Da / 分子数: 1 / 断片: USP8 interaction Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF41 / プラスミド: PET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9H4P4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ring finger protein 41 isoform 1 / NRDP1

分子量: 16172.340 Da / 分子数: 1 / 断片: USP8 interaction Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF41 / プラスミド: PET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9H4P4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 7.0,0.2M NaCl, 0.001M DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.00769 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00769 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→27.36 Å / Num. all: 12100 / Num. obs: 12100 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.97
反射シェル	解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique all: 1173 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→27.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 5.882 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23163	549	4.8 %	RANDOM
R_work	0.16916	-	-	-
obs	0.172	10951	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.627 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→27.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1047	0	0	99	1146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.95	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.659	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.217	24.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.178	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.452	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.045	3	686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.51	4	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.809	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.778	7	370

LS精密化シェル

解像度: 1.873→1.922 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	43	-
R_work	0.213	663	-
obs	-	-	99.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.81	2.5347	-2.1403	2.6035	-1.9131	2.701	-0.1008	0.0676	0.0002	-0.1107	0.069	0.0201	0.0183	0.1029	0.0318	0.0577	0.0084	0.0096	0.0025	-0.0183	0.0156	23.6155	49.7889	28.8869
2	2.8648	1.0758	1.6755	9.4554	-1.443	4.0014	0.0532	0.2196	-0.0176	-0.0952	-0.0027	-0.0063	0.0648	0.1255	-0.0505	0.0221	0.0066	-0.0164	0.0201	-0.0219	0.0299	30.5653	46.6213	29.9534
3	4.7921	-0.6022	2.3099	17.4182	0.3428	7.5784	-0.1095	-0.1559	-0.0303	0.5371	0.0132	-0.4635	0.152	0.2912	0.0963	0.0466	0.0145	-0.0043	0.0171	0.0052	0.0035	28.8729	36.7599	28.0206
4	10.6085	-12.8552	-16.1001	16.0199	18.3316	27.5745	-0.2817	0.2591	-0.2136	0.5311	-0.1189	0.1058	0.9733	-0.3075	0.4006	0.0445	0.0112	-0.0248	0.0229	0.0088	0.0414	29.6237	26.5355	20.2231
5	23.2979	-21.3079	8.1147	20.7336	-6.2011	7.3899	0.7963	1.0086	-0.0691	-0.9149	-0.8756	-0.0467	0.2827	0.6675	0.0794	-0.0149	-0.0179	0.0361	0.0365	0.0027	-0.0306	26.9468	27.9971	6.3042
6	13.7574	1.7117	-11.7915	6.8829	4.6801	15.772	-0.1172	0.5972	0.0801	-0.1178	0.1534	0.0791	-0.055	-1.1157	-0.0362	-0.0026	0.0001	-0.0094	0.1124	0.0336	-0.0189	16.9084	37.6684	5.4436
7	5.9986	-0.6056	5.9368	0.7618	-0.0732	13.8242	0.0293	-0.0527	0.0532	0.0606	-0.0841	0.0808	0.145	-0.3218	0.0548	0.0248	-0.0196	0.0097	0.0189	-0.012	0.0443	14.9522	36.3416	18.777
8	1.3853	-1.1261	-1.2112	2.3932	-2.0233	7.1817	0.002	-0.0147	-0.0065	0.0281	-0.0016	0.0421	-0.0864	-0.3776	-0.0004	0.0088	0.0025	0.0221	-0.0058	-0.0235	0.0417	21.2045	43.9827	23.4995
9	4.3752	1.2414	1.0462	1.5952	2.9485	9.9764	0.0959	-0.0958	0.4379	0.0138	-0.192	0.0231	-0.4084	-0.3914	0.0961	0.039	0.0326	-0.0045	0.0005	0.0039	0.0471	21.5214	43.3181	13.3797
10	10.5937	0.7825	8.3462	15.9808	4.7967	7.673	-0.2242	-0.5055	0.5283	-0.1246	0.0493	0.4174	-0.3051	-0.5	0.1749	0.037	0.0348	0.0155	0.0719	-0.0077	-0.0299	23.4479	43.0781	6.0021
11	9.5948	-2.6287	-0.1319	5.3132	6.8294	17.6145	0.0474	-0.0727	0.5641	-0.2041	-0.1216	-0.2034	-0.4009	-0.4973	0.0742	0.0461	0.0344	0.0157	0.0214	0.0383	0.0259	29.9565	41.5751	2.2407
12	15.2077	-3.4377	2.8541	4.4438	-2.7291	6.9429	0.0985	0.588	-0.1411	-0.2628	0.0691	0.0031	0.1507	-0.3236	-0.1676	0.07	-0.0062	0.0161	0.0505	-0.0105	-0.0281	32.6003	35.3828	-1.0083
13	4.2576	-2.4936	0.2919	1.5102	-0.901	10.7253	0.0473	0.1468	0.1596	-0.1474	0.0975	-0.1905	0.0189	0.2856	-0.1448	0.0479	-0.0134	0.0124	0.0036	0.0042	0.042	36.8074	32.3054	7.6527
14	25.8287	6.8507	-3.7155	4.869	-1.9418	3.5485	0.1086	-0.1371	-0.8607	0.0676	-0.0613	-0.2141	0.2584	-0.1823	-0.0474	0.0359	0.0033	-0.0199	0.0163	0.0055	0.0076	26.6282	30.3676	19.2596
15	7.2004	3.0409	0.2438	3.2164	0.371	0.7538	0.0456	-0.2108	0.037	0.0896	0.0278	-0.1901	0.0439	0.0649	-0.0734	0.0329	0.0179	-0.0027	0.0346	0.0022	0.0212	27.9793	34.2974	17.3636
16	15.8619	-8.2391	10.3767	7.2159	-5.9106	17.823	-0.0747	0.1024	0.9752	0.0265	-0.1707	-0.5665	-0.9193	0.2696	0.2454	0.057	-0.038	0.0331	-0.0254	-0.006	0.077	38.3716	41.3111	12.1031
17	31.9843	-16.8025	-38.7912	21.6882	21.91	47.4851	1.2079	-0.1492	1.3553	-0.8761	0.3045	-1.0326	-1.8322	0.363	-1.5124	0.0313	-0.0188	0.0218	-0.0007	-0.0485	0.0571	31.5758	45.2675	15.4688
18	5.0815	8.122	5.4954	13.965	7.8007	6.9254	-0.0474	0.2675	-0.1091	-0.3688	0.0083	-0.3965	-0.3194	0.3868	0.0391	0.045	-0.0067	-0.0117	0.0251	-0.0003	0.0292	26.4191	38.1199	13.1151
19	8.762	-1.4971	-1.1754	7.2956	-0.8378	0.3109	-0.3052	0.3152	-0.4727	-0.4697	0.3574	0.1723	0.2325	-0.0382	-0.0523	0.0356	-0.019	-0.0133	0.018	-0.0242	0.0088	22.1128	28.2042	8.1873
20	19.509	-17.6722	21.7388	16.0087	-19.7952	53.1618	-0.0935	-0.626	-0.8525	0.6384	0.3789	-0.2872	0.4518	1.0382	-0.2853	0.029	-0.0107	0.0109	-0.021	0.0173	0.0455	27.9287	22.8548	16.2622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	184 - 191	11 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	192 - 198	19 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	199 - 205	26 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	206 - 210	33 - 37
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	211 - 218	38 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	219 - 222	46 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	223 - 237	50 - 64
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	238 - 244	65 - 71
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	245 - 251	72 - 78
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	252 - 255	79 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	256 - 262	83 - 89
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	263 - 269	90 - 96
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	270 - 275	97 - 102
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	276 - 281	103 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	282 - 293	109 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	294 - 300	121 - 127
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	301 - 304	128 - 131
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	305 - 308	132 - 135
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	309 - 312	136 - 139
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	313 - 317	140 - 144

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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