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- PDB-2fz2: Structure of Turnip Yellow Mosaic Virus at 100 K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fz2
タイトルStructure of Turnip Yellow Mosaic Virus at 100 K
要素
  • 5'-R(*CP*CP*C)-3'
  • Coat protein
キーワードVirus/RNA / Plant virus / Coat protein / Capsid protein / Tymoviruses / TYMV / RNA / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Larson, S.B. / Lucas, R.W. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2005
タイトル: The RNA of turnip yellow mosaic virus exhibits icosahedral order.
著者: Larson, S.B. / Lucas, R.W. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of turnip yellow mosaic virus.
著者: Canady, M.A. / Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Preliminary X-ray diffraction analysis of crystals of turnip yellow mosaic virus (TYMV).
著者: Canady, M.A. / Day, J. / McPherson, A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of an empty capsid of turnip yellow mosaic virus.
著者: van Roon, A.M. / Bink, H.H. / Plaisier, J.R. / Pleij, C.W. / Abrahams, J.P. / Pannu, N.S.
履歴
登録2006年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: 5'-R(*CP*CP*C)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4924
ポリマ－61,4924
非ポリマー00
水00
1
D: 5'-R(*CP*CP*C)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,689,547240
ポリマ－3,689,547240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: 5'-R(*CP*CP*C)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 307 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,46220
ポリマ－307,46220
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
D: 5'-R(*CP*CP*C)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 369 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,95524
ポリマ－368,95524
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
D: 5'-R(*CP*CP*C)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 922 kDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)922,38760
ポリマ－922,38760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)511.530, 511.530, 303.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699)127.8825, -206.91823, 79.03573
3generate(-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5)334.80073, -127.8825, 206.91823
4generate(-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5)334.80073, 127.8825, 206.91823
5generate(0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)127.8825, 206.91823, 79.03573
6generate(-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699)462.68323, 79.03573, 127.8825
7generate(-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)383.6475, 206.91823, -79.03573
8generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)127.8825, 206.91823, -79.03573
9generate(0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699)48.84677, 79.03573, 127.8825
10generate(-1), (1), (-1)255.765, 255.765
11generate(0.80901699, -0.30901699, -0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699)48.84677, -79.03573, 127.8825
12generate(0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5)176.72927, 127.8825, 206.91823
13generate(-1), (-1), (1)255.765, 255.765
14generate(0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)176.72927, 127.8825, -206.91823
15generate(0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699)48.84677, -79.03573, -127.8825

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*CP*C)-3'


分子量: 870.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Coat protein / Virion protein


分子量: 20207.285 Da / 分子数: 3 / Fragment: Viral coat protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
属: Tymovirus / 株: (Australian isolate) / 生物種 (発現宿主): Brassica rapa / 発現宿主: Brassica rapa subsp. chinensis (カブラ) / 株 (発現宿主): subsp. chinensis / 参照: UniProt: P20125

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 1.0-1.7 M NH4PO4, 0.1 M MES buffer, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211
シンクロトロンALS 5.0.221.25
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD1998年12月11日Vertical and toroidal focusing mirror
ADSC QUANTUM 42CCD1999年11月20日Vertical and toroidal focusing mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.251
反射解像度: 2.61→59.12 Å / Num. all: 247650 / Num. obs: 225845 / % possible obs: 35.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 7.49
反射 シェル解像度: 2.61→2.65 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: -0.41 / Num. unique all: 172 / % possible all: 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AUY

1auy


解像度: 2.9→59.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 171751.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Simulated annealing and conjugate gradient minimization. Stereochemistry target values for the nucleic acid fragment are from Parkinson, Vojtechovsky, Clowney, Brunger & Berman
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 10857 5 %RANDOM
Rwork0.276 ---
all0.327 246412 --
obs0.277 215839 42.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.3842 Å2 / ksol: 0.394524 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.62 Å26.21 Å20 Å2
2---5.62 Å20 Å2
3---11.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.84 Å0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→59.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4065 57 0 0 4122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 101 5.2 %
Rwork0.4 1857 -
obs-1958 2.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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