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万見
- PDB-2fvp: A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fvp
タイトルA Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*A)-3'
  • Reverse transcriptase
キーワードTRANSFERASE/DNA / LTR / MMLV / integrase / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Alpha-Beta Plaits / Roll ...Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitermination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Montano, S.P. / Cote, M.L. / Roth, M.J. / Georgiadis, M.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of oligonucleotides including the integrase processing site of the Moloney murine leukemia virus.
著者: Montano, S.P. / Cote, M.L. / Roth, M.J. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2006年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*A)-3'
A: Reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8312
ポリマ－33,8312
非ポリマー00
水3,063170
1
B: 5'-D(*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*A)-3'
A: Reverse transcriptase

B: 5'-D(*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*A)-3'
A: Reverse transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6614
ポリマ－67,6614
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.720, 146.126, 46.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The second part of the biological assembly is generated by performing this transformation on the asymmetric unit: symmetry operator: -x, -y, z translation vector: 2 1 -1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*AP*A)-3'


分子量: 4896.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Reverse transcriptase / RT


分子量: 28934.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / 遺伝子: POL / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03355, RNA-directed DNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2magnesium acetate11
3ADA11
4H2O11
5PEG 400012
6magnesium acetate12
7ADA12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月6日
放射モノクロメーター: confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 18597 / Num. obs: 18291 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1d1u

1d1u


解像度: 2.25→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2876 900 random
Rwork0.2237 --
all0.2876 18550 -
obs0.2876 17609 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 325 0 170 2536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006566
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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