PDB-2fuk: Crystal structure of XC6422 from Xanthomonas campestris: a member...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fuk

タイトル

Crystal structure of XC6422 from Xanthomonas campestris: a member of a/b serine hydrolase without lid at 1.6 resolution

要素

XC6422 protein

キーワード

HYDROLASE / a/b hydrolase / Xanthomonas campestris / structural genomics

機能・相同性

Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Conserved enzyme

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yang, C.Y. / Chin, K.H. / Chou, C.C. / Wang, A.H.J. / Chou, S.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of XC6422 from Xanthomonas campestris at 1.6 A resolution: a small serine alpha/beta-hydrolase
著者: Yang, C.Y. / Chin, K.H. / Chou, C.C. / Wang, A.H.J. / Chou, S.H.

履歴

登録	2006年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fuk.cif.gz	52.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fuk.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fuk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/2fuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/2fuk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rc8-d 4brw-d 4rc5-d 4xah-d 3d3o-d 5n4t-d 5lsc-d 1lvb-d 6qfg-d 2w7q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XC6422 protein

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: XC6422 protein

登録者が定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.980, 79.490, 38.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	XC6422 protein / a member of a/b serine hydrolase 分子量: 24001.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0RM26
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Na cacodylate pH6.5, 1.6M (NH4)2SO4, 2% PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.98977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月2日
放射	モノクロメーター: Se-Met / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→24.8 Å / Num. all: 27824 / Num. obs: 27545 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	最高解像度: 1.6 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS		精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→24.8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.24	-	Random
R_work	0.21	-	-
all	0.22	27824	-
obs	0.22	27545	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1680	0	0	45	1725

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)