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- PDB-2fuc: Human alpha-Phosphomannomutase 1 with Mg2+ cofactor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fuc
タイトルHuman alpha-Phosphomannomutase 1 with Mg2+ cofactor bound
要素Phosphomannomutase 1
キーワードISOMERASE / Phosphomannomutase / protein glycosylation / carbohydrate-deficient glycoprotein syndrome / Haloalkanoic Acid Dehalogenase Superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of GDP-mannose / phosphomannomutase / phosphomannomutase activity / GDP-mannose biosynthetic process / mannose metabolic process / protein N-linked glycosylation / cellular response to leukemia inhibitory factor / neuronal cell body / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic phosphomannomutase, cap domain / Phosphomannomutase / Phosphomannomutase, cap domain / Eukaryotic phosphomannomutase / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Eukaryotic phosphomannomutase, cap domain / Phosphomannomutase / Phosphomannomutase, cap domain / Eukaryotic phosphomannomutase / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphomannomutase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Zhang, C. / Lu, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2006
タイトル: The X-ray crystal structures of human alpha-phosphomannomutase 1 reveal the structural basis of congenital disorder of glycosylation type 1a.
著者: Silvaggi, N.R. / Zhang, C. / Lu, Z. / Dai, J. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2006年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphomannomutase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0233
ポリマ-29,9741
非ポリマー492
3,081171
1
A: Phosphomannomutase 1
ヘテロ分子

A: Phosphomannomutase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0466
ポリマ-59,9492
非ポリマー974
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)51.690, 51.690, 215.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The asymmetric unit contains one monomer of the biologically active dimer. The dimer can be generated by applying the following matrix to the deposited coordinates: | 3.123e-17, 1, 5.881e-16| | 1,-1.745e-16, 1.109e-15| | 1.049e-15, 5.487e-16, -1| (-7.416e-14,-1.349e-13, 216)

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要素

#1: タンパク質 Phosphomannomutase 1 / PMM 1 / PMMH-22


分子量: 29974.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q92871, phosphomannomutase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化詳細: Crystals grown by hanging drop vapor diffusion over mother liquor containing 15-18% polyethylene glycol 3350, 0.15M D,L-malic acid, pH 7.0, 50mM MgCL2, and 8mM 2-mercaptoethanol. Drops were ...詳細: Crystals grown by hanging drop vapor diffusion over mother liquor containing 15-18% polyethylene glycol 3350, 0.15M D,L-malic acid, pH 7.0, 50mM MgCL2, and 8mM 2-mercaptoethanol. Drops were formed by mixing 2ul of protein solution (10mM HEPES, pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2) at 15-25mg/ml with 2ul of mother liquor. Crystals grew after one to three days at 296 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9797, 0.9794, 0.9500
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月9日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97941
30.951
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 17978 / Num. obs: 17978 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 45.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 16 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→24.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.975 / SU ML: 0.112 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20597 868 5.2 %RANDOM
Rwork0.18629 ---
obs0.18733 15848 100 %-
all-15848 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.054 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1969 0 2 171 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1361.9652684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.66934193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1445246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48924.059101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25315354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4351515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.3406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.31762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.5999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.51029
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.5209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3470.334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.520
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.39521476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1712505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52331957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1872853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6083726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 69 -
Rwork0.202 1016 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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