PDB-2fu2: Crystal structure of protein SPy2152 from Streptococcus pyogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fu2

タイトル

Crystal structure of protein SPy2152 from Streptococcus pyogenes

要素

Hypothetical protein SPy2152

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

bacteriocin immunity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chang, C. / Cymborowski, M. / Otwinowski, Z. / Minor, W. / Lezondra, L.-E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: The structure of pyogenecin immunity protein, a novel bacteriocin-like immunity protein from Streptococcus pyogenes.
著者: Chang, C. / Coggill, P. / Bateman, A. / Finn, R.D. / Cymborowski, M. / Otwinowski, Z. / Minor, W. / Volkart, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fu2.cif.gz	26.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fu2.ent.gz	19.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fu2_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fu2_full_validation.pdf.gz	422.1 KB	表示
XML形式データ	2fu2_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	2fu2_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/2fu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/2fu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kdb-d 4nj7-10 2k93-d 5ocn-8 4nj7-4 3kz3-3 6fdd-2 3dkm-d 3brl-d 6l0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80158

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein SPy2152

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.087, 30.280, 35.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.26, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Hypothetical protein SPy2152 分子量: 11468.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Derivatives / 参照: UniProt: Q99XL4, UniProt: Q48QT2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.63 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 % PEG 8000, Mes pH 6.0, Ca(OAc)2 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月28日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→50 Å / Num. all: 5139 / Num. obs: 4682 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 30.26
反射シェル	解像度: 2.01→2.03 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 3.62 / Num. unique all: 75 / % possible all: 58.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→34.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 12.189 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25389	185	4.6 %	RANDOM
R_work	0.15732	-	-	-
all	0.1611	3855	-	-
obs	0.16111	3855	96.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.81 Å²	0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	-2.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	627	0	0	67	694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.813	1.98	855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.349	5	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.803	25.862	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.81	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.406	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.33	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.272	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.95	1.5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.538	2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.888	3	262
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.323	4.5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.207 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.167	13	-
R_work	0.187	230	-
obs	-	-	81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.365	-1.4221	3.9164	5.7137	-3.0634	7.1418	0.1123	0.1311	0.1667	-0.234	-0.0169	0.0407	-0.0986	0.1067	-0.0954	0.0077	-0.0221	0.0646	-0.1126	0.0124	-0.1328	17.859	-6.985	3.55
2	8.576	-2.4759	5.7675	2.9278	-3.2375	9.3472	0.1824	0.2013	-0.4766	-0.3672	-0.0128	0.1685	0.2518	0.2448	-0.1695	0.0325	-0.024	0.0225	-0.1435	-0.0304	-0.1063	14.133	-15.868	4.679
3	10.873	0.653	12.2184	3.6704	2.112	14.6591	-0.21	-0.4601	0.1237	0.0075	0.0909	0.1753	-0.147	-0.443	0.1191	-0.1123	-0.007	-0.0022	-0.0583	0.0193	-0.1258	10.877	-8.617	13.766
4	3.9556	-4.4209	0.6519	7.1434	0.9411	3.8327	0.3971	0.0736	0.3351	-0.495	-0.2971	-0.1117	-0.3397	0.0241	-0.1	0.0209	-0.0142	0.0213	-0.1105	0.0244	-0.1018	12.786	-0.869	9.626

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 22	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	23 - 41	23 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	42 - 64	42 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	65 - 79	65 - 79

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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