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万見
- PDB-2ftd: Crystal structure of Cathepsin K complexed with 7-Methyl-Substitu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ftd
タイトルCrystal structure of Cathepsin K complexed with 7-Methyl-Substituted Azepan-3-one compound
要素Cathepsin K
キーワードHYDROLASE / Sulfhydryl Proteinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin K / thyroid hormone generation / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / apical plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ILI / Cathepsin K
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Yamashita, D.S. / Baoguang, Z.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure activity relationships of 5-, 6-, and 7-methyl-substituted azepan-3-one cathepsin K inhibitors.
著者: Yamashita, D.S. / Marquis, R.W. / Xie, R. / Nidamarthy, S.D. / Oh, H.J. / Jeong, J.U. / Erhard, K.F. / Ward, K.W. / Roethke, T.J. / Smith, B.R. / Cheng, H.Y. / Geng, X. / Lin, F. / Offen, P.H. ...著者: Yamashita, D.S. / Marquis, R.W. / Xie, R. / Nidamarthy, S.D. / Oh, H.J. / Jeong, J.U. / Erhard, K.F. / Ward, K.W. / Roethke, T.J. / Smith, B.R. / Cheng, H.Y. / Geng, X. / Lin, F. / Offen, P.H. / Wang, B. / Nevins, N. / Head, M.S. / Haltiwanger, R.C. / Narducci Sarjeant, A.A. / Liable-Sands, L.M. / Zhao, B. / Smith, W.W. / Janson, C.A. / Gao, E. / Tomaszek, T. / McQueney, M. / James, I.E. / Gress, C.J. / Zembryki, D.L. / Lark, M.W. / Veber, D.F.
履歴
登録2006年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin K
B: Cathepsin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1284
ポリマ－47,0472
非ポリマー1,0812
水3,477193
1
A: Cathepsin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0642
ポリマ－23,5231
非ポリマー5411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cathepsin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0642
ポリマ－23,5231
非ポリマー5411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.874, 74.874, 339.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin K


分子量: 23523.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 株: Osteoclast / 遺伝子: CTSK / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P61277, cathepsin K
#2: 化合物 ChemComp-ILI / N-[(1S)-1-({[(3S,4S,7R)-3-HYDROXY-7-METHYL-1-(PYRIDIN-2-YLSULFONYL)-2,3,4,7-TETRAHYDRO-1H-AZEPIN-4-YL]AMINO}CARBONYL)-3-METHYLBUTYL]-1-BENZOFURAN-2-CARBOXAMIDE


分子量: 540.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32N4O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG 400 as precipitant, in 0.1 M Hepes buffer, at pH 7.5 containing 0.2 M CaCl2, temperature 283K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.55→100 Å / Num. all: 19480 / Num. obs: 17372 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Num. unique all: 631 / Rsym value: 0.094 / % possible all: 65

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.55→25 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2837 1017 RANDOM
Rwork0.2374 --
all-19480 -
obs-17372 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3298 0 76 193 3567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2958
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0082

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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