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万見
- PDB-3h89: A combined crystallographic and molecular dynamics study of cathe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h89
タイトルA combined crystallographic and molecular dynamics study of cathepsin-L retro-binding inhibitors(compound 4)
要素Cathepsin L1
キーワードHYDROLASE / Cysteine proteases / Cathepsin L / Disulfide bond / Glycoprotein / Lysosome / Protease / Thiol protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / Collagen degradation / protein autoprocessing / fibronectin binding / collagen catabolic process / serpin family protein binding / collagen binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / endocytic vesicle lumen / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / : / adaptive immune response / histone binding / Attachment and Entry / lysosome / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NSX / Procathepsin L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tulsidas, S.R. / Chowdhury, S.F. / Kumar, S. / Joseph, L. / Purisima, E.O. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: A combined crystallographic and molecular dynamics study of cathepsin L retrobinding inhibitors
著者: Shenoy, R.T. / Chowdhury, S.F. / Kumar, S. / Joseph, L. / Purisima, E.O. / Sivaraman, J.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin L1
B: Cathepsin L1
C: Cathepsin L1
D: Cathepsin L1
E: Cathepsin L1
F: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,89312
ポリマ－145,1506
非ポリマー5,7436
水4,071226
1
A: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1492
ポリマ－24,1921
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1492
ポリマ－24,1921
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1492
ポリマ－24,1921
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1492
ポリマ－24,1921
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1492
ポリマ－24,1921
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1492
ポリマ－24,1921
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.404, 61.075, 205.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cathepsin L1 / Major excreted protein / MEP / Cathepsin L1 heavy chain / Cathepsin L1 light chain


分子量: 24191.701 Da / 分子数: 6
断片: Cathepsin L Heavy Chain and Light Chain, UNP residues 114-333
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Catehpsin L / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07711, cathepsin L
#2: 化合物
ChemComp-NSX / N~2~,N~6~-bis(biphenyl-4-ylacetyl)-L-lysyl-D-arginyl-N-(2-phenylethyl)-L-tyrosinamide


分子量: 957.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H64N8O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 42927 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 22.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1629
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 3002 7 %RANDOM
Rwork0.22 34041 --
obs-37043 86.1 %-
溶媒の処理ksol: 34.837 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.15 Å2 / Biso mean: 28.415 Å2 / Biso min: 1.6 Å2
Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2
2--5.333 Å20 Å2
3--5.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9954 0 426 226 10606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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