PDB-2fre: The crystal structure of the oxidoreductase containing FMN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fre

タイトル

The crystal structure of the oxidoreductase containing FMN

要素

NAD(P)H-flavin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FMN / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the oxidoreductase containing FMN from Agrobacterium tumefaciens
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fre.cif.gz	102.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fre.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2fre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2fre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3otk-2 3otk-4 4r9z-d 6bu5-d 6c3i-2 5txf-2 2isl-3 4us4-d 2ppw-1 3qok-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5856

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD(P)H-flavin oxidoreductase

B: NAD(P)H-flavin oxidoreductase

ヘテロ分子

46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.337, 77.337, 151.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

This protein existed as dimer. The deposited Mol.A and Mol.B represent the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	NAD(P)H-flavin oxidoreductase 分子量: 22611.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / ATCC 33970 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UJB5, UniProt: A9CKT4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15M Potassium Bromide, 36% PEG2KMME, 10mM FMN, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→68.84 Å / Num. all: 35142 / Num. obs: 34404 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16.6 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 25.86
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2578 / % possible all: 94.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→68.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.562 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.134
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2124	1803	5 %	RANDOM
R_work	0.18259	-	-	-
all	0.18407	35142	-	-
obs	0.18407	34404	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.04 Å	0.032 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→68.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3147	0	62	405	3614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	1.959	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.795	3	6735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.843	5	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.671	23.725	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.497	15	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.15	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.27	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.991	1.5	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.17	1.5	800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.09	2	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.91	3	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.581	4.5	1315

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	110	-
R_work	0.213	2435	-
obs	-	2435	94.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8552	0.1477	-0.5084	1.0086	-0.0641	1.4653	-0.0388	-0.0641	-0.1789	0.094	0.0165	0.1177	0.071	-0.0152	0.0223	-0.0397	0.005	0.0153	-0.0471	-0.0011	-0.0888	21.882	11.051	46.518
2	0.9261	0.1622	-0.1383	1.2354	0.1031	1.3779	-0.0252	0.2298	-0.0277	-0.2138	0.0499	0.064	-0.1523	0.0547	-0.0247	-0.0118	-0.0191	-0.0032	-0.0061	-0.0255	-0.1554	27.751	20.13	31.056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 50	1 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 100	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 151	101 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	152 - 199	152 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 50	1 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	51 - 100	51 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	101 - 151	101 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	152 - 195	152 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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