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- PDB-2fr5: Crystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with Tetr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fr5
タイトルCrystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with Tetrahydrouridine
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / CYTIDINE DEAMINASE / TETRAHYDROURIDINE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / ALTERNATE CONFORMATION OF ARG68
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / cytidine deaminase / dCMP catabolic process / cytidine deamination / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity ...Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / cytidine deaminase / dCMP catabolic process / cytidine deamination / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity / UMP salvage / nucleoside binding / response to cycloheximide / Neutrophil degranulation / negative regulation of cell growth / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, homotetrameric / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAHYDROURIDINE / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Teh, A.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The 1.48 A Resolution Crystal Structure of the Homotetrameric Cytidine Deaminase from Mouse
著者: Teh, A.H. / Kimura, M. / Yamamoto, M. / Tanaka, N. / Yamaguchi, I. / Kumasaka, T.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,94413
ポリマ－64,5944
非ポリマー1,3519
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12640 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
2
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子

A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,88926
ポリマ－129,1878
非ポリマー2,70118
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area28110 Å2
ΔGint-505 kcal/mol
Surface area37160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.238, 93.403, 180.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1005-

SO4

21A-1087-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS SIMILAR TO THE TETRAMER CONTAINED IN THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質
Cytidine deaminase / Cytidine aminohydrolase


分子量: 16148.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-21c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56389, cytidine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-TYU / TETRAHYDROURIDINE / 1-(3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YL)-4- HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-2-ONE


タイプ: RNA linking / 分子量: 248.233 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N2O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.8M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M CITRATE, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月23日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→41.49 Å / Num. all: 111799 / Num. obs: 111799 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.63 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 15.6 / Scaling rejects: 70985
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.26 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. measured all: 73184 / Num. unique all: 11283 / Num. unique obs: 11283 / Χ2: 1 / % possible all: 98.9

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.508 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.39
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å41.49 Å
Translation3 Å41.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
BBSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MQ0

1mq0


解像度: 1.48→41.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.121 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS AND UNRESTRAINED REFINEMENT. Due to excessive electron density, NH1 of ARG 68 was refined with unit occupancy for both alternate conformations in the four subunits. Disordered atoms were ...詳細: TLS AND UNRESTRAINED REFINEMENT. Due to excessive electron density, NH1 of ARG 68 was refined with unit occupancy for both alternate conformations in the four subunits. Disordered atoms were refined with zero occupancy.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 5592 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.169 111795 --
obs0.169 111795 96.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→41.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4186 0 77 498 4761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.9946039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.735537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39223.204206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39415787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5481542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.23039
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2560.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4811.52776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74524376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02631895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4144.51662
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 402 -
Rwork0.253 7931 -
obs-8333 98.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2766-3.5949-0.96965.85261.30367.5154-0.1035-0.4165-0.5937-0.38470.2420.27140.3070.3295-0.13850.01120.03390.0315-0.02760.04890.03228.9804-17.913778.8119
29.4312-1.8690.17756.36610.17462.4518-0.06240.2412-0.18120.1169-0.0571-0.02510.06230.12930.11950.01960.00720.0289-0.01380.03680.010323.8994-14.362478.7132
37.1559-1.47810.69272.0605-0.93272.21260.01670.0723-0.32770.1210.14680.22680.052-0.1629-0.16350.0088-0.01060.0222-0.01440.03870.035214.6259-9.099376.7304
42.1672-0.52440.44121.0227-0.22650.9009-0.1003-0.1112-0.10260.14970.09020.0294-0.0121-0.00950.01010.0419-0.010.00590.00230.01330.012917.7334-2.347375.5937
51.9362-1.89380.28512.3317-0.86740.7645-0.02380.06170.09860.00740.0467-0.0076-0.0432-0.0845-0.02290.0082-0.0096-0.00660.01680.01250.015713.13696.840269.2167
62.6316-0.11192.17812.28251.31043.5418-0.1959-0.04870.11380.02420.0482-0.0481-0.14320.00110.14770.02230.0068-0.0040.00170.01390.015723.79043.83376.5928
76.1379-6.1396-8.28257.54678.178214.0353-0.0641-0.09080.10080.30890.208-0.3253-0.02320.286-0.14380.02740.0111-0.03870.0057-0.0032-0.011931.6011.711882.4521
811.52892.56374.28521.81691.77272.95160.0411-0.2946-0.3970.09220.0251-0.05130.1669-0.1494-0.06620.035-0.01350.01560.02570.02170.038721.9212-9.023471.0827
93.9540.2177-1.960710.454.45522.9671-0.31490.4642-0.2942-0.3994-0.03270.41560.0104-0.09640.34760.0132-0.03110.0033-0.0021-0.0260.009719.0163-11.277562.3295
100.5437-0.11480.80170.2933-0.10341.1982-0.05330.088-0.00940.03180.040.00270.00750.040.01340.0113-0.01620.00620.02230.00740.015328.62832.232966.4473
111.09360.27920.51051.34150.24030.3908-0.06440.0375-0.03920.00930.0892-0.09280.01410.0514-0.02480.01850.00450.01480.00020.00760.023733.3302-2.643571.5828
1211.69941.8412-0.80428.12840.39371.9093-0.0403-0.2796-0.66310.053-0.01330.23420.3013-0.050.05360.027-0.03930.0266-0.0230.01490.029419.4433-14.886167.5948
137.5285.8804-3.13075.7085-3.63412.5689-0.1480.1482-0.3638-0.11080.0372-0.03530.211-0.00890.11080.0005-0.01460.0314-0.0188-0.02830.034728.498-13.091566.3484
140.45730.8696-0.38212.5266-0.14340.8197-0.07690.0884-0.0524-0.03040.049-0.06810.0026-0.03310.0279-0.0093-0.0128-0.00140.02370.01080.012336.34562.249463.4875
156.5111-0.36545.53574.31590.44667.4239-0.3502-0.08950.54940.17150.0337-0.1592-0.33590.03470.3165-0.0147-0.0139-0.0237-0.00660.0070.035842.922313.944868.9487
1630.347324.226-57.615419.3394-45.9939109.3849-1.3639-0.3519-1.1893-2.5585-0.6515-0.35521.6363-2.30632.01540.1065-0.04750.14110.0929-0.06390.089234.134710.673735.1034
178.52018.41650.95078.99014.222216.0507-0.39130.3529-0.2375-0.64860.3455-0.0366-0.33670.28920.04580.0099-0.06710.05220.04070.0527-0.031235.233814.454140.0265
181.7709-2.0648-2.16626.19926.40989.0792-0.16540.22930.1763-0.28430.3364-0.2158-0.3830.4496-0.1710.0102-0.07990.03390.07740.074-0.019535.551221.49448.7628
191.0836-0.146-0.18981.14090.40651.1522-0.03070.16930.1103-0.09270.0113-0.0648-0.0662-0.01290.01940.0282-0.0275-0.01430.03660.05470.032430.712818.996854.6394
200.64430.3204-0.27261.31781.15361.9986-0.10520.2190.1083-0.18260.01940.0431-0.2191-0.03910.08580.0072-0.0162-0.02940.04830.05250.012126.287719.58152.4175
210.2283-0.6367-1.21352.08062.96887.0181-0.07370.11370.11250.09970.00650.0630.0109-0.08030.06720.0026-0.006-0.02140.01490.03310.02325.884717.98364.4287
222.84230.57560.46040.6216-0.45732.2965-0.02880.07270.0885-0.0541-0.01870.0726-0.0232-0.11390.04750.0092-0.0215-0.00970.03790.0284-0.003821.105614.960752.0391
235.8866-6.1299-0.62069.8610.0372.90950.00260.3549-0.2007-0.1355-0.03020.2273-0.0501-0.01540.0276-0.0191-0.0564-0.04010.1020.0413-0.052818.736211.756243.796
243.61512.01332.58553.33322.87634.4156-0.0640.190.0101-0.16070.039-0.2468-0.18750.04920.02490.0176-0.03520.01050.05660.04310.025536.506713.307751.3001
251.807-0.3301-0.60581.0978-0.3371.1962-0.03810.01970.13360.04650.0094-0.1351-0.00740.10350.02870.0144-0.0197-0.01350.02340.02260.025334.81248.071857.9043
264.0079-0.0498-1.12290.74270.29741.5306-0.09490.4064-0.049-0.20160.0781-0.03280.0993-0.1270.01670.0123-0.0270.00860.03970.0144-0.023624.69063.218450.3464
271.5747-0.6246-2.45814.72712.4274.30760.080.0406-0.0972-0.2875-0.0657-0.4916-0.13860.1364-0.01430-0.02090.0220.0250.05410.04741.511811.799650.2976
287.84055.7702-2.50324.3688-1.47751.8876-0.04370.4498-0.0698-0.11310.0558-0.26230.0089-0.011-0.0121-0.0207-0.00810.0320.02240.03470.018638.67054.993948.9823
293.00470.1974-0.28071.639-0.66230.6525-0.05990.1168-0.1701-0.1010.0232-0.07710.0804-0.02890.03680.0287-0.03160.01270.024-0.0112-0.002225.0727-3.113656.0639
3027.3172-4.46096.01213.5947-5.367119.30810.06161.2132-1.1488-0.69630.23070.83980.8791-1.3023-0.2923-0.0206-0.1099-0.030.1084-0.02880.015211.5744-5.7756.8469
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324.0146-4.37782.479515.56850.40513.7013-0.1049-0.1658-0.0072-0.47320.16790.1149-0.2059-0.2628-0.0629-0.0144-0.0188-0.07390.08390.116-0.00725.384328.492448.8124
331.57120.09090.95382.5586-0.00010.6587-0.09290.32160.0502-0.14910.00360.1934-0.0947-0.02440.0893-0.0063-0.0212-0.03440.06670.0357-0.00818.03299.99852.3334
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350.8646-0.0930.25022.7058-0.80340.339-0.02950.17760.1142-0.193-0.01670.0585-0.04740.00420.04620.008-0.022-0.01970.03030.05370.000814.00517.524253.1962
360.2223-1.20060.19496.5274-0.87610.8747-0.07480.07280.05580.05050.0651-0.0280.03110.01160.0097-0.0022-0.0152-0.01450.02140.03040.012514.974210.704260.7052
373.0588-0.475-0.2571.357-0.49680.2461-0.00960.06260.0462-0.0742-0.0646-0.1106-0.05080.11340.07430.0111-0.0147-0.03380.01780.05770.02920.179622.857855.17
380.8702-0.4312-0.48450.5097-0.1630.81850.07580.14460.1478-0.023-0.014-0.0979-0.13620.0135-0.06170.0167-0.0068-0.04110.01380.07210.060613.37528.838555.9528
391.5517-0.2375-2.66863.89173.98957.91540.0667-0.312-0.11060.0749-0.36150.48030.3463-0.62380.2948-0.0334-0.008-0.04690.04120.0560.0469-2.553220.032561.0831
401.77630.0010.73950.9123-0.55670.648-0.04210.01040.1627-0.0095-0.0165-0.0296-0.08460.03760.05860.0142-0.0029-0.0285-0.00770.03920.03116.063426.097266.131
413.8521.1041.16651.00720.81521.0034-0.0687-0.01110.1793-0.03130.0171-0.0238-0.2023-0.13070.05160.01150.0126-0.04630.01020.06440.04676.464130.080960.7537
426.10335.92214.843716.803810.03148.2809-0.0207-0.130.1936-0.5815-0.39120.3396-0.3826-0.28230.4119-0.02340.0308-0.04920.02610.0526-0.0074-2.22728.103457.6622
431.40951.68192.59528.4834-1.01477.3882-0.151-0.08210.42660.3824-0.0220.0352-0.2708-0.3290.17310.02840.0389-0.03890.00390.03010.03038.616232.454467.9467
441.6838-0.06190.77970.9667-0.35722.1409-0.0326-0.17660.19870.0144-0.03860.0202-0.1301-0.12550.07120.03010.0175-0.0369-0.03740.01560.034515.221428.884872.7932
457.3955-4.2934-0.391714.07894.399710.5325-0.3833-0.22180.7713-0.25980.4007-1.1709-0.51760.2972-0.01740.0315-0.0397-0.067-0.08150.00130.105427.836430.389674.9379
464.2207-0.6517-5.46386.0515-4.783212.3936-0.0282-0.39950.19140.36990.24110.2101-0.63930.0624-0.2130.02270.1018-0.01090.0780.002-0.062612.019419.936998.3731
479.0538-1.5026-2.55551.2961-1.01979.8151-0.088-0.25320.17090.09530.1369-0.0247-0.1837-0.3601-0.04890.03520.0544-0.01410.00140.0074-0.017917.405317.442794.9264
485.9693-1.5075-3.39221.96531.452.14980.0614-0.2450.15610.0424-0.0251-0.0617-0.10460.2295-0.03640.0460.0081-0.03490.04260.0107-0.034827.318815.70288.79
491.5245-0.1981-0.56370.96470.02161.7387-0.0535-0.06390.05370.09320.0568-0.0437-0.03980.0147-0.00330.04950.0156-0.031-0.00010.00710.017825.031915.423981.6864
508.89612.8072-5.0931.5475-2.53295.0492-0.0608-0.3409-0.21310.11770.0008-0.01380.0846-0.04660.060.0430.02990.00230.00820.0263-0.004217.30428.759688.2659
511.0431-0.7831-1.03231.3414-0.2452.4026-0.04860.10640.04560.0274-0.0007-0.0270.064-0.03140.04920.0167-0.0107-0.02580.00520.00480.018727.808613.402671.7031
522.80592.578-0.59545.13470.69872.0244-0.1395-0.0596-0.12060.06310.06470.02770.1553-0.07110.07480.0220.00710.00960.01010.01280.021316.39677.566579.9946
532.08010.7049-0.56212.1903-0.4711.3389-0.0468-0.1184-0.04110.12220.03440.11260.012-0.09820.01240.04680.0314-0.00130.02470.01250.007413.779714.400285.6319
5447.1992-16.00473.66419.2185-2.52970.72150.2453-0.05213.50550.3414-0.3404-1.28980.58460.00540.09510.1012-0.0281-0.0603-0.0622-0.06330.249424.462830.986184.5241
550.46340.3518-0.49380.4513-0.4810.7802-0.1009-0.00890.06670.06970.06240.0185-0.0716-0.07390.03850.02250.0166-0.0244-0.00640.01950.03313.521919.463975.6789
561.44910.491.42691.5471.22562.1955-0.0859-0.1030.07230.09440.00950.0687-0.0772-0.16230.07630.0330.038-0.00810.02150.01220.009710.350719.390282.9296
578.84820.12640.65832.38951.45742.4051-0.044-0.59960.31840.30750.0705-0.0337-0.18420.047-0.02650.07560.0306-0.052-0.0445-0.0341-0.005416.053327.972788.8342
581.0463-0.1942-0.15710.62091.23568.5058-0.1458-0.02790.16750.11590.0420.1439-0.1932-0.22980.1038-0.00640.0341-0.0137-0.01510.02670.03075.760622.745674.8034
597.95827.73052.7438.88416.336210.7508-0.30180.07820.1603-0.08930.09080.5509-0.2548-0.03760.2109-0.03350.0061-0.01460.01060.0470.06230.796312.901266.7418
6025.74661.06056.84055.0619-3.22044.2615-0.36440.03150.31250.19870.2959-0.2149-0.14350.2120.0685-0.032-0.0036-0.00970.00270.00230.0467-5.68498.82763.804
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA11 - 1411 - 14
22AA15 - 2015 - 20
33AA21 - 2721 - 27
44AA28 - 5128 - 51
55AA52 - 6552 - 65
66AA66 - 7666 - 76
77AA77 - 8277 - 82
88AA83 - 9283 - 92
99AA93 - 9793 - 97
1010AA98 - 10798 - 107
1111AA108 - 116108 - 116
1212AA117 - 122117 - 122
1313AA123 - 128123 - 128
1414AA129 - 140129 - 140
1515AA141 - 146141 - 146
1616BB11 - 1411 - 14
1717BB15 - 1815 - 18
1818BB19 - 2919 - 29
1919BB30 - 4730 - 47
2020BB48 - 5748 - 57
2121BB58 - 6758 - 67
2222BB68 - 7668 - 76
2323BB77 - 8277 - 82
2424BB83 - 9283 - 92
2525BB93 - 10493 - 104
2626BB105 - 115105 - 115
2727BB116 - 121116 - 121
2828BB122 - 129122 - 129
2929BB130 - 140130 - 140
3030BB141 - 144141 - 144
3131CC10 - 1310 - 13
3232CC14 - 2414 - 24
3333CC25 - 3525 - 35
3434CC36 - 4836 - 48
3535CC49 - 5749 - 57
3636CC58 - 6758 - 67
3737CC68 - 7768 - 77
3838CC78 - 9078 - 90
3939CC91 - 9791 - 97
4040CC98 - 11198 - 111
4141CC112 - 119112 - 119
4242CC120 - 126120 - 126
4343CC127 - 130127 - 130
4444CC131 - 139131 - 139
4545CC140 - 143140 - 143
4646DD11 - 1411 - 14
4747DD15 - 2115 - 21
4848DD22 - 2922 - 29
4949DD30 - 4630 - 46
5050DD47 - 5347 - 53
5151DD54 - 6654 - 66
5252DD67 - 7867 - 78
5353DD79 - 9079 - 90
5454DD91 - 9591 - 95
5555DD96 - 10796 - 107
5656DD108 - 119108 - 119
5757DD120 - 127120 - 127
5858DD128 - 137128 - 137
5959DD138 - 142138 - 142
6060DD143 - 146143 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る