PDB-2fpc: Structure of Strictosidine Synthase, the Biosynthetic Entry to th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fpc

タイトル

Structure of Strictosidine Synthase, the Biosynthetic Entry to the Monoterpenoid Indole Alkaloid Family

要素

Strictosidine synthase

キーワード

LYASE / six bladed beta propeller fold / STR1 / Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / biosynthetic process / endomembrane system / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rauvolfia serpentina (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Panjikar, S.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The structure of Rauvolfia serpentina strictosidine synthase is a novel six-bladed beta-propeller fold in plant proteins
著者: Ma, X. / Panjikar, S. / Koepke, J. / Loris, E. / Stockigt, J.

履歴

登録	2006年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fpc.cif.gz	131.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fpc.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fpc_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fpc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2fpc_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	2fpc_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fp8C 2fp9C 2fpbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gkl-2 4bag-2 2v91-2 1gkk-2 1gkl-1 4h35-1 1gkk-1 4h35-2 2v91-1 6fj4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Strictosidine synthase

B: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.607, 148.607, 121.069
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	35 - 331	13 - 309
2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	35 - 331	13 - 309
1	2	SCG	SCG	SCG	SCG	A	C	1001
2	2	SCG	SCG	SCG	SCG	B	D	2001

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Strictosidine synthase 分子量: 35765.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / プラスミド: pQe-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: P68175, strictosidine synthase
#2: 糖	ChemComp-SCG / Secologanin / METHYL (2S,3R,4S)-2-(BETA-D-GLUCOPYRANOSYLOXY)-4-(2-OXOETHYL)-3-VINYL-3,4-DIHYDRO-2H-PYRAN-5-CARBOXYLATE / セコロガニンタイプ: D-saccharide / 分子量: 388.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₄O₁₀ / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100mM HEPES-Na, 2mM secologanin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8057 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月14日 / 詳細: double crystal Si[111]
放射	モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8057 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / Num. all: 19913 / Num. obs: 19104 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 50 Å² / R_merge(I) obs: 0.122
反射シェル	解像度: 3→3.04 Å / R_merge(I) obs: 0.7 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Native structure

解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 13.451 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	787	4 %	RANDOM
R_work	0.18606	-	-	-
all	0.193	19913	-	-
obs	0.1882	19104	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.62 Å²	2.31 Å²	0 Å²
2-	-	4.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4764	0	54	102	4920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.833	1.957	6740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.145	5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.104	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.685	1.5	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.346	2.5	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.464	5	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.524	10	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1188	tight positional	0.08	0.05
1	1149	medium positional	0.35	0.5
2	27	medium positional	0.12	0.5
1	1188	tight thermal	0.56	1.5
1	1149	medium thermal	1.49	2.5
2	27	medium thermal	4.72	2.5

LS精密化シェル

解像度: 3.001→3.077 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.331	63
R_work	0.256	1372

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.023	0.535	-0.3015	1.1925	0.2264	5.0175	-0.0679	0.1167	0.0065	-0.05	0.1362	0.1868	-0.2123	-0.3754	-0.0683	0.0158	0.0362	0.0057	0.0832	0.0188	0.1756	94.9327	8.8336	0.1442
2	5.7788	1.2411	-2.4898	1.5035	-0.0548	5.4473	0.1075	-0.3728	0.5501	0.0544	-0.0222	-0.0816	-0.3606	0.6687	-0.0853	0.2504	-0.0709	0.0251	0.1865	0.0353	0.3127	129.5683	34.2319	10.215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	32 - 333	10 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	32 - 333	10 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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