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- PDB-2fmr: KH1 FROM THE FRAGILE X PROTEIN FMR1, NMR, 18 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fmr
タイトルKH1 FROM THE FRAGILE X PROTEIN FMR1, NMR, 18 STRUCTURES
要素FMR1 PROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN / FMR1 / FRAGILE X / MODULAR PROTEINS / RNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular transport of viral material / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / modulation by host of viral RNA genome replication / regulation of neuronal action potential / growth cone filopodium / poly(G) binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of long-term synaptic depression / neuronal ribonucleoprotein granule ...positive regulation of intracellular transport of viral material / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / modulation by host of viral RNA genome replication / regulation of neuronal action potential / growth cone filopodium / poly(G) binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of long-term synaptic depression / neuronal ribonucleoprotein granule / animal organ development / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / dendritic filopodium / RNA strand annealing activity / chromocenter / regulation of dendritic spine development / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / filopodium tip / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of filopodium assembly / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / non-membrane-bounded organelle assembly / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / poly(A) binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / siRNA binding / poly(U) RNA binding / glutamate receptor signaling pathway / sequence-specific mRNA binding / miRNA binding / positive regulation of filopodium assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / dynein complex binding / positive regulation of dendritic spine development / dendritic spine neck / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / glial cell projection / positive regulation of receptor internalization / chromosome, centromeric region / mRNA transport / negative regulation of cytoplasmic translation / translation regulator activity / mRNA export from nucleus / signaling adaptor activity / Cajal body / stress granule assembly / axon terminus / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / regulation of mRNA stability / methylated histone binding / RNA splicing / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / cell projection / positive regulation of translation / mRNA processing / cellular response to virus / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / RNA stem-loop binding / presynapse / ribosome binding / presynaptic membrane / chromosome / nervous system development / growth cone / G-quadruplex RNA binding / postsynapse / microtubule binding / postsynaptic membrane / perikaryon / transmembrane transporter binding / dendritic spine / postsynaptic density / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / axon / DNA repair / mRNA binding / synapse / chromatin binding / dendrite / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain ...Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fragile X messenger ribonucleoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Musco, G. / Kharrat, A. / Stier, G. / Fraternali, F. / Gibson, T.J. / Nilges, M. / Pastore, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The solution structure of the first KH domain of FMR1, the protein responsible for the fragile X syndrome.
著者: Musco, G. / Kharrat, A. / Stier, G. / Fraternali, F. / Gibson, T.J. / Nilges, M. / Pastore, A.
履歴
登録1997年10月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMR1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2711
ポリマ－7,2711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 50ENERGY, RMS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 FMR1 PROTEIN / KH1


分子量: 7271.123 Da / 分子数: 1 / 断片: FIRST KH DOMAIN RESIDUES 216 - 280 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MODULE FROM THE KH FAMILY / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: HUMAN CDNA SEQUENCE CODING THE FIRST DOMAIN OF FMR WAS PCR AMPLIFIED AND SUB-CLONED INTO A PET9 DERIVED PLASMID VECTOR WITH C-TERMINAL HIS-TAG
細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: FMR1 / プラスミド: PET9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q06787

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
131NOESY HSQC
141HMQC-J

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試料調製

試料状態pH: 6.1 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
ARIA構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JNRL CITATION. ARIA (NILGES) ALSO WAS USED.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ENERGY, RMS / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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