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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fmk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mg2+ and BeF3- bound CheY in complex with CheZ 200-214 solved from a P2(1)2(1)2 crystal grown in MES (pH 6.0) | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / CHEMOTAXIS / BEF(3)(-)-BOUND CHEY / CHEY-CHEZ PEPTIDE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guhaniyogi, J. / Robinson, V.L. / Stock, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Beryllium Fluoride-free and Beryllium Fluoride-bound CheY in Complex with the Conserved C-terminal Peptide of CheZ Reveal Dual Binding Modes Specific to CheY Conformation 著者: Guhaniyogi, J. / Robinson, V.L. / Stock, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14140.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: cheY / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1648.725 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 200-214 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence corresponds to the C-terminal 15 residues of the CheZ protein occurring naturally in Salmonella enterica serovar Typhumurium 参照: UniProt: P07800, UniProt: Q57N83*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 37.5% PEG 8000, 0.05M sodium phosphate (monobasic), 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月13日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal. Crystal type Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0718 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.999→30 Å / Num. all: 8820 / Num. obs: 8762 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 38.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.999→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 21.5 / Num. unique all: 845 / Rsym value: 0.08 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FQW 解像度: 1.999→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 4.062 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.921 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.999→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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