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- PDB-2fm7: Evolution of Enzymatic Activity in the Tautomerase Superfamily: M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fm7
タイトルEvolution of Enzymatic Activity in the Tautomerase Superfamily: Mechanistic and Structural Consequences of the L8R Mutation in 4-Oxalocrotonate Tautomerase
要素4-Oxalocrotonate Tautomerase
キーワードTRANSFERASE / 4-Oxalocrotonate / tautomerase / 4-OT / homo-hexamer / dehalogenase / mutant / L8R
機能・相同性
機能・相同性情報


xylene catabolic process / 2-hydroxymuconate tautomerase / toluene catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Almrud, J.J. / Hackert, M.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Evolution of enzymatic activity in the tautomerase superfamily: mechanistic and structural consequences of the L8R mutation in 4-oxalocrotonate tautomerase
著者: Poelarends, G.J. / Almrud, J.J. / Serrano, H. / Darty, J.E. / Johnson, W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録2006年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
B: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
C: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
D: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
E: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
F: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6307
ポリマ－40,5946
非ポリマー351
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
B: 4-Oxalocrotonate Tautomerase

A: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
B: 4-Oxalocrotonate Tautomerase

A: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
B: 4-Oxalocrotonate Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5946
ポリマ－40,5946
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area12970 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
3
E: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
F: 4-Oxalocrotonate Tautomerase

E: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
F: 4-Oxalocrotonate Tautomerase

E: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
F: 4-Oxalocrotonate Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5946
ポリマ－40,5946
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
4
A: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
B: 4-Oxalocrotonate Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5312
ポリマ－13,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
F: 4-Oxalocrotonate Tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5312
ポリマ－13,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
C: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
D: 4-Oxalocrotonate Tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5673
ポリマ－13,5312
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.863, 80.863, 117.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-87-

HOH

21A-88-

HOH

31B-94-

HOH

41B-96-

HOH

51C-5010-

HOH

61D-9020-

HOH

71E-71-

HOH

81E-185-

HOH

91F-84-

HOH

101F-85-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: 1

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYAA1 - 621 - 62
2GLYGLYBB1 - 621 - 62
3ARGARGCC1 - 611 - 61
4ARGARGDD1 - 611 - 61
5ARGARGEE1 - 611 - 61
6ARGARGFF1 - 611 - 61
詳細The homo-hexamer biological assembly is generated from application of the space group's crystallographic symmetry operators to the dimers in the asymmetric.

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要素

#1: タンパク質
4-Oxalocrotonate Tautomerase / E.C.5.3.2.- / 4-OT


分子量: 6765.732 Da / 分子数: 6 / 変異: L8R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: mt-2 / 解説: used TOL plasmid pWW0 / 遺伝子: xylH / プラスミド: pET3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold(DE3)
参照: UniProt: Q01468, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3 microlitres of protein (20 mg/mL solution in 10 mM Tris-Cl, pH 7.0) mixed with an equal volume of reservoir buffer [30% O-(2-aminopropyl)-O-(2-methoxyethyl)polypropylene glycol 500, 100 mM ...詳細: 3 microlitres of protein (20 mg/mL solution in 10 mM Tris-Cl, pH 7.0) mixed with an equal volume of reservoir buffer [30% O-(2-aminopropyl)-O-(2-methoxyethyl)polypropylene glycol 500, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, pH 6.5, and 50 mM CsCl]. The resulting mixture was allowed to equilibrate against 50 microlitres of reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月27日
放射モノクロメーター: Osmic confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 10782 / Num. obs: 10209 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BJP with coordinates for OXP removed

1bjp


解像度: 2.8→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.799 / SU B: 21.345 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30109 514 4.8 %RANDOM
Rwork0.22979 ---
all0.23327 10726 --
obs0.23327 10209 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.763 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20.65 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2769 0 1 199 2969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0212808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3571.9633770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9835366
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3250.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2571.51827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33822924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1863981
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8854.5846
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 363 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.140.05
2Btight positional0.180.05
3Ctight positional0.260.05
4Dtight positional0.210.05
5Etight positional0.220.05
6Ftight positional0.150.05
1Atight thermal0.130.5
2Btight thermal0.130.5
3Ctight thermal0.110.5
4Dtight thermal0.070.5
5Etight thermal0.110.5
6Ftight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 36 -
Rwork0.271 736 -
obs-736 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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