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- PDB-6hbz: Bdellovibrio bacteriovorus DgcB Full-length -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hbz
タイトルBdellovibrio bacteriovorus DgcB Full-length
要素GGDEF domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / GGDEF / FHA / c-di-GMP / diguanylate cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Tumour Suppressor Smad4 / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain ...: / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Tumour Suppressor Smad4 / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Nucleotide cyclase / SMAD/FHA domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / GGDEF domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Meek, R.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for activation of a diguanylate cyclase required for bacterial predation in Bdellovibrio.
著者: Meek, R.W. / Cadby, I.T. / Moynihan, P.J. / Lovering, A.L.
履歴
登録2018年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GGDEF domain protein
B: GGDEF domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,72013
ポリマ－60,9132
非ポリマー1,80611
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.776, 176.776, 112.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A144 - 308
2010B144 - 308
1020C32 - 134
2020D32 - 134

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 GGDEF domain protein


分子量: 30456.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア)
株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: Bd0742 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6MPU8
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M KBr, 0.1M sodium acetate, 15% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→153.09 Å / Num. obs: 97476 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.79-1.8236.91.95847370.4480.3251.98599.6
9.78-90.4533.40.057240.9980.0090.05199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→153.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.706 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.089
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2155 5021 5.2 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.1811 92403 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.04 Å2 / Biso mean: 35.3 Å2 / Biso min: 17.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å2-0.76 Å2-0 Å2
2---1.51 Å2-0 Å2
3---4.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→153.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4156 0 113 439 4708
Biso mean--32.49 44.38 -
残基数----539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194390
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.59325959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95339626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9025545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.11524.389180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82515753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4361524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.63238527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free44.0585258
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.68558624
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A96920.14
12B96920.14
21A58820.11
22B58820.11
LS精密化 シェル解像度: 1.786→1.832 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 341 -
Rwork0.302 6740 -
all-7081 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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