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- PDB-2fju: Activated Rac1 bound to its effector phospholipase C beta 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fju
タイトルActivated Rac1 bound to its effector phospholipase C beta 2
要素
  • 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta 2
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / APOPTOSIS/HYDROLASE / Protein-protein complex / APOPTOSIS-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein beta/gamma-subunit complex / regulation of respiratory burst / phosphoinositide phospholipase C / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of hydrogen peroxide metabolic process ...G-protein beta/gamma-subunit complex / regulation of respiratory burst / phosphoinositide phospholipase C / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / Inactivation of CDC42 and RAC1 / PLC beta mediated events / phosphatidylinositol metabolic process / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / cortical cytoskeleton organization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / ruffle organization / cell projection assembly / positive regulation of bicellular tight junction assembly / thioesterase binding / regulation of lamellipodium assembly / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / regulation of nitric oxide biosynthetic process / motor neuron axon guidance / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / Activation of RAC1 / RHO GTPases activate KTN1 / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / Azathioprine ADME / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / superoxide anion generation / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / lamellipodium assembly / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / regulation of cell size / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of Rho protein signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / establishment or maintenance of cell polarity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / neuronal dense core vesicle / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / positive regulation of focal adhesion assembly / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / lipid catabolic process / positive regulation of lamellipodium assembly / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of stress fiber assembly / phospholipid metabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of microtubule polymerization / actin filament polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / secretory granule membrane / actin filament organization / small monomeric GTPase / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / VEGFR2 mediated vascular permeability / cell projection / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2 / : / PH-domain like - #240 / Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2 / : / PH-domain like - #240 / Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / PH-domain like / EF-hand / Recoverin; domain 1 / C2 domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / EF-hand domain pair / Small GTP-binding protein domain / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jezyk, M.R. / Snyder, J.T. / Harden, T.K. / Sondek, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Rac1 bound to its effector phospholipase C-beta2.
著者: Jezyk, M.R. / Snyder, J.T. / Gershberg, S. / Worthylake, D.K. / Harden, T.K. / Sondek, J.
履歴
登録2006年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
B: 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4355
ポリマ－110,8322
非ポリマー6043
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.822, 185.822, 93.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / p21-Rac1 / Ras-like protein TC25


分子量: 19797.844 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000
#2: タンパク質 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta 2 / E.C.3.1.4.11 / Phosphoinositide phospholipase C / Phospholipase C- beta-2 / PLC-beta-2


分子量: 91033.922 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-799 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLCB2 / プラスミド: pVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: Q00722, phosphoinositide phospholipase C

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非ポリマー , 4種, 489分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 8% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月4日
放射モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 94114 / Num. obs: 93710
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 多波長異常分散, 分子置換
解像度: 2.2→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 4701 5 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
all-94114 --
obs-93710 --
原子変位パラメータBiso mean: 32.547 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6994 0 34 486 7514

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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