PDB-2fji: Crystal structure of the C-terminal domain of the exocyst subunit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fji

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of the exocyst subunit Sec6p

要素

Exocyst complex component SEC6

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / Exocyst complex / exocytosis / tandem helical bundles / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / exocyst / prospore membrane / cellular bud tip / cellular bud neck / Golgi to plasma membrane transport / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sivaram, M.V. / Munson, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The structure of the exocyst subunit Sec6p defines a conserved architecture with diverse roles.
著者: Sivaram, M.V. / Furgason, M.L. / Brewer, D.N. / Munson, M.

履歴

登録	2006年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fji.cif.gz	183.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fji.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fji_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fji_full_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示
XML形式データ	2fji_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	2fji_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3h4z-3 2r0d-2 4bww-d 4mkr-1 4i7c-d 6rpu-d 6ewn-d 6oao-3 6oao-5 2j42-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

1: Exocyst complex component SEC6

2: Exocyst complex component SEC6

92.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

1: Exocyst complex component SEC6

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

2: Exocyst complex component SEC6

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.295, 63.301, 151.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

This domain is a monomer. There are 2 domains in the asymmetric unit (chains A & B)

#1: タンパク質	Exocyst complex component SEC6 分子量: 46250.719 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain Sec6CT2 (residues 411-805) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SEC6 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), BL21(DE3) RIL-X / 参照: UniProt: P32844
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Exocyst complex component SEC6

分子量: 46250.719 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain Sec6CT2 (residues 411-805) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC6 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), BL21(DE3) RIL-X / 参照: UniProt: P32844

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1%-4% PEG 6000, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	0.9793, 0.9792, 0.9679
シンクロトロン	NSLS	X25	2	1.1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2005年2月9日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2004年9月15日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si (111)	MAD	M	x-ray	1
2	Si(111) or (220)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9792	1
3	0.9679	1
4	1.1	1

Reflection

冗長度: 3.3 % / 数: 131541 / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 4.203 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 76.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.26	50	99.1	1	0.078	15.842	3.8
4.18	5.26	99.4	1	0.076	5.153	3.7
3.65	4.18	99.2	1	0.088	4.121	3.7
3.32	3.65	98.2	1	0.1	2.442	3.6
3.08	3.32	97.5	1	0.128	1.689	3.5
2.9	3.08	95.2	1	0.161	1.275	3.3
2.75	2.9	86	1	0.194	1.12	3.1
2.63	2.75	73.3	1	0.22	1.194	2.9
2.53	2.63	60.3	1	0.234	1.024	2.7
2.44	2.53	49.4	1	0.26	0.966	2.3
2.37	2.44	36.7	1	0.268	0.951	2.1
2.3	2.37	26.5	1	0.277	1.093	1.8

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 78684 / Num. obs: 76939 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.131

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Num. unique all: 7817 / Χ²: 0.838 / % possible all: 98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM acentric: 0.303 / FOM centric: 0.084 / Reflection acentric: 61378 / Reflection centric: 3312

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	2.5	20	61378	3312
ANO_1	0.62	0	2.5	20	58331	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	9.82-20	0	824	183
ISO_1	7.4-9.82	0	1321	185
ISO_1	6.19-7.4	0	1690	169
ISO_1	5.42-6.19	0	1981	159
ISO_1	4.89-5.42	0	2230	167
ISO_1	4.48-4.89	0	2476	171
ISO_1	4.17-4.48	0	2673	154
ISO_1	3.91-4.17	0	2869	147
ISO_1	3.69-3.91	0	3054	149
ISO_1	3.51-3.69	0	3221	158
ISO_1	3.35-3.51	0	3404	174
ISO_1	3.21-3.35	0	3536	179
ISO_1	3.09-3.21	0	3667	184
ISO_1	2.98-3.09	0	3797	181
ISO_1	2.88-2.98	0	3962	187
ISO_1	2.79-2.88	0	4021	178
ISO_1	2.71-2.79	0	4181	175
ISO_1	2.63-2.71	0	4241	159
ISO_1	2.56-2.63	0	4185	135
ISO_1	2.5-2.56	0	4045	118
ANO_1	9.82-20	0.521	688	0
ANO_1	7.4-9.82	0.496	1183	0
ANO_1	6.19-7.4	0.474	1498	0
ANO_1	5.42-6.19	0.492	1883	0
ANO_1	4.89-5.42	0.542	2164	0
ANO_1	4.48-4.89	0.59	2435	0
ANO_1	4.17-4.48	0.6	2636	0
ANO_1	3.91-4.17	0.647	2836	0
ANO_1	3.69-3.91	0.704	3028	0
ANO_1	3.51-3.69	0.758	3191	0
ANO_1	3.35-3.51	0.804	3337	0
ANO_1	3.21-3.35	0.863	3443	0
ANO_1	3.09-3.21	0.895	3531	0
ANO_1	2.98-3.09	0.925	3630	0
ANO_1	2.88-2.98	0.957	3791	0
ANO_1	2.79-2.88	0.973	3827	0
ANO_1	2.71-2.79	0.986	3929	0
ANO_1	2.63-2.71	1	3962	0
ANO_1	2.56-2.63	1.004	3802	0
ANO_1	2.5-2.56	1.008	3537	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	63.925	31.774	65.66	SE	30.7	0.79
2	51.31	39.704	69.794	SE	21.2	0.71
3	40.815	39.048	60.384	SE	29.6	0.77
4	57.249	61.646	67.92	SE	26	0.65
5	89.767	2.73	17.212	SE	46.8	0.68
6	13.549	57.003	0.442	SE	48.4	0.7
7	-14.544	44.003	60.894	SE	30.8	0.59
8	66.859	61.071	68.879	SE	46	0.6
9	38.702	40.578	66.043	SE	20.1	0.38
10	85.31	52.509	41.781	SE	43.5	0.5
11	-17.564	40.76	59.351	SE	57.7	0.65
12	94.946	24.651	13.919	SE	35.6	0.58
13	83.668	32.198	21.014	SE	35.6	0.45
14	73.242	47.212	62.881	SE	14.3	0.27
15	84.544	55.982	44.83	SE	60	0.71
16	52.755	22.784	66.446	SE	23.2	0.4
17	100.635	23.962	2.058	SE	45.3	0.42
18	70.389	49.564	56.008	SE	42.7	0.41
19	84.352	3.656	25.149	SE	60	0.62
20	26.402	44.432	63.188	SE	47.9	0.4
21	14.81	26.769	70.27	SE	60	0.47
22	44.118	42.618	66.108	SE	60	0.5
23	90.985	41.434	12.345	SE	36.2	0.3
24	97.792	5.286	13.346	SE	60	0.36
25	2.008	51.635	9.035	SE	22.3	0.24
26	96.109	20.894	5.507	SE	60	0.41
27	88.424	50.443	38.723	SE	60	0.34

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
9.82-20	0.48	0.088	824	183
7.4-9.82	0.518	0.058	1321	185
6.19-7.4	0.559	0.141	1690	169
5.42-6.19	0.567	0.177	1981	159
4.89-5.42	0.517	0.101	2230	167
4.48-4.89	0.493	0.103	2476	171
4.17-4.48	0.476	0.093	2673	154
3.91-4.17	0.455	0.088	2869	147
3.69-3.91	0.414	0.071	3054	149
3.51-3.69	0.37	0.073	3221	158
3.35-3.51	0.332	0.067	3404	174
3.21-3.35	0.289	0.077	3536	179
3.09-3.21	0.262	0.054	3667	184
2.98-3.09	0.233	0.066	3797	181
2.88-2.98	0.208	0.064	3962	187
2.79-2.88	0.186	0.081	4021	178
2.71-2.79	0.168	0.068	4181	175
2.63-2.71	0.154	0.069	4241	159
2.56-2.63	0.141	0.076	4185	135
2.5-2.56	0.131	0.079	4045	118

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→15 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	3870	5 %	Random
R_work	0.249	-	-	-
all	-	78171	-	-
obs	-	76939	98.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 62.9352 Å² / k_sol: 0.312866 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.16 Å² / B_iso mean: 68.58 Å² / B_iso min: 21.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.94 Å²	0 Å²	22.67 Å²
2-	-	-20.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	25.53 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.42 Å	0.37 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.56 Å	0.52 Å
Luzzati d res high	-	2.4

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6254	0	0	614	6868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	19.2
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.75

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.4-2.51	0.404	487	5.1	0.399	9040	0.018	9726	9527	98
2.51-2.64	0.393	503	5.2	0.358	9126	0.018	9725	9629	99
2.64-2.8	0.348	455	4.7	0.315	9173	0.016	9675	9628	99.5
2.8-3.02	0.317	468	4.8	0.28	9287	0.015	9768	9755	99.9
3.02-3.32	0.289	471	4.8	0.256	9280	0.013	9762	9751	99.9
3.32-3.79	0.301	458	5	0.274	8757	0.014	9757	9215	94.4
3.79-4.75	0.261	479	5	0.213	9144	0.012	9818	9623	98
4.75-15	0.239	549	5.6	0.201	9262	0.01	10005	9811	98.1

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	carbohydrate.param	carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top

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