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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fji | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal domain of the exocyst subunit Sec6p | ||||||
![]() | Exocyst complex component SEC6 | ||||||
![]() | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / Exocyst complex / exocytosis / tandem helical bundles / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / exocyst / prospore membrane / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis ...exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / exocyst / prospore membrane / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis / SNARE binding / protein transport 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sivaram, M.V. / Munson, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the exocyst subunit Sec6p defines a conserved architecture with diverse roles. 著者: Sivaram, M.V. / Furgason, M.L. / Brewer, D.N. / Munson, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | This domain is a monomer. There are 2 domains in the asymmetric unit (chains A & B) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46250.719 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain Sec6CT2 (residues 411-805) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SEC6 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.42 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1%-4% PEG 6000, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 3.3 % / 数: 131541 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 4.203 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 76.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 78684 / Num. obs: 76939 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.131 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Num. unique all: 7817 / Χ2: 0.838 / % possible all: 98.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM acentric: 0.303 / FOM centric: 0.084 / Reflection acentric: 61378 / Reflection centric: 3312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 62.9352 Å2 / ksol: 0.312866 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 200.16 Å2 / Biso mean: 68.58 Å2 / Biso min: 21.47 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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