+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bww | ||||||
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Title | Crystal structure of spin labelled azurin T21R1. | ||||||
Components | AZURIN | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
Function / homology | Function and homology information transition metal ion binding / electron transfer activity / periplasmic space / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.48 Å | ||||||
Authors | Hagelueken, G. | ||||||
Citation | Journal: Bmc Struct.Biol. / Year: 2014 Title: High-Resolution Crystal Structure of Spin Labelled (T21R1) Azurin from Pseudomonas Aeruginosa: A Challenging Structural Benchmark for in Silico Spin Labelling Algorithms. Authors: Florin, N. / Schiemann, O. / Hagelueken, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bww.cif.gz | 227.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bww.ent.gz | 186.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bww.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bww | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1e67S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 14407.444 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: MTSSL SPIN LABEL ATTACHED TO CYSTEINE INTRODUCED AT POSITION 21 Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: PAO1 / Plasmid: PEHISGSTTEV / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): ROSETTA / References: UniProt: P00282 |
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-Non-polymers , 5 types, 511 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-NO3 / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | CYS INTRODUCED |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 2.14 M AMMONIUM SULFATE, 0.28 M AMMONIUM NITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918409 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918409 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→51.3 Å / Num. obs: 82307 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 14.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.5 |
Reflection shell | Highest resolution: 1.48 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 90.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1E67 Resolution: 1.48→48.123 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.48→48.123 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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