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万見
- PDB-2fj9: High resolution crystal structure of the unliganded human ACBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fj9
タイトルHigh resolution crystal structure of the unliganded human ACBP
要素Acyl-CoA-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID METABOLISM / ACBP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein lipidation / benzodiazepine receptor binding / protein-lipid complex / long-chain fatty acyl-CoA binding / positive regulation of phospholipid transport / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / fatty-acyl-CoA binding / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / perinuclear endoplasmic reticulum / : ...negative regulation of protein lipidation / benzodiazepine receptor binding / protein-lipid complex / long-chain fatty acyl-CoA binding / positive regulation of phospholipid transport / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / fatty-acyl-CoA binding / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / perinuclear endoplasmic reticulum / : / fatty acid metabolic process / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / Acyl-CoA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Taskinen, J.P. / van Aalten, D.M. / Knudsen, J. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: High resolution crystal structures of unliganded and liganded human liver ACBP reveal a new mode of binding for the acyl-CoA ligand.
著者: Taskinen, J.P. / van Aalten, D.M. / Knudsen, J. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2006年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2745
ポリマ－9,9301
非ポリマー3444
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子

A: Acyl-CoA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,54810
ポリマ－19,8602
非ポリマー6878
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area1150 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.824, 43.824, 177.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-88-

ZN

21A-1277-

HOH

31A-1325-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA-binding protein / ACBP / Diazepam-binding inhibitor / DBI / Endozepine / EP


分子量: 9930.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DBI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07108
#2: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG-MME 550, 100mM MES, pH 6.5, 10mM ZnSO4, 3% 1-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月2日
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→30 Å / Num. all: 13635 / Num. obs: 14797 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / Rsym value: 0.211 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→14.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1278929.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 479 3.5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 13635 95.9 %-
all-14797 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.9946 Å2 / ksol: 0.333733 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å2-0.18 Å20 Å2
2--4.61 Å20 Å2
3----5.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→14.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数698 0 4 228 930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.67
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 87 3.8 %
Rwork0.242 2183 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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