[日本語] English
万見
- PDB-2fj1: Crystal Structure Analysis of Tet Repressor (class D) in Complex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fj1
タイトルCrystal Structure Analysis of Tet Repressor (class D) in Complex with 7-Chlortetracycline-Nickel(II)
要素Tetracycline repressor protein class D
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION / helix-turn-helix / metal coordination
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
7-CHLOROTETRACYCLINE / NICKEL (II) ION / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Orth, P. / Saenger, W. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2008
タイトル: Specific binding of divalent metal ions to tetracycline and to the Tet repressor/tetracycline complex.
著者: Palm, G.J. / Lederer, T. / Orth, P. / Saenger, W. / Takahashi, M. / Hillen, W. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Structure of the TET repressor-tetracycline complex and regulation of antibiotic resistance
著者: Hinrichs, W. / Kisker, C. / Duevel, M. / Mueller, A. / Tovar, K. / Hillen, W. / Saenger, W.
履歴
登録2005年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9326
ポリマ－23,2881
非ポリマー6445
水1,838102
1
A: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子

A: Tetracycline repressor protein class D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,86512
ポリマ－46,5772
非ポリマー1,28810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.937, 68.937, 180.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 Tetracycline repressor protein class D


分子量: 23288.334 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-208 / 変異: A2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / プラスミド: PWH610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 DELTA H1 DELTA TRP / 参照: UniProt: P0ACT4
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CTC / 7-CHLOROTETRACYCLINE / クロルテトラサイクリン


分子量: 478.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23ClN2O8 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.58 M Ammonium sulphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月5日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→64.5 Å / Num. all: 10706 / Num. obs: 10706 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 751 / Rsym value: 0.268

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TCT

2tct


解像度: 2.2→64.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.467 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 544 4.8 %RANDOM
Rwork0.14638 ---
all0.14942 10706 --
obs0.14942 10706 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→64.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 37 102 1780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0211750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4641.9852387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14633688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0395214
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.21720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1130.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6091.51054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.04221690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0943696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7454.5697
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.355 38
Rwork0.208 713

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る