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- PDB-2fey: The structure of stem loop IV of Tetrahymena telomerase RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fey
タイトルThe structure of stem loop IV of Tetrahymena telomerase RNA
要素stem-loop IV of Tetrahymena telomerase RNA
キーワードRNA / telomerase RNA / Tetrahymena / stem-loop IV / heptaloop
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, simulated annealing
データ登録者Chen, Y. / Fender, J. / Legassie, J.D. / Jarstfer, M.B. / Bryan, T.M. / Varani, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of stem-loop IV of Tetrahymena telomerase RNA.
著者: Chen, Y. / Fender, J. / Legassie, J.D. / Jarstfer, M.B. / Bryan, T.M. / Varani, G.
履歴
登録2005年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: stem-loop IV of Tetrahymena telomerase RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6851
ポリマ－13,6851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 stem-loop IV of Tetrahymena telomerase RNA


分子量: 13685.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence naturally occurs in the stem-loop IV of Tetrahymena telomerase RNA. It was synthesized by T7 RNA Polymerase in vitro transcription from DNA oligonucleotide template.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1333D 13C-separated NOESY
143HCP TRIPLE RESONANCE
1533D 13C-31P HETCOR
1633D 13C TOCSY-HSQC
174HNN-COSY
185IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 MM unlabelled samples10 mM SODIUM PHOSHATE, PH 6.0, 100% D2O
21 MM unlabelled samples10 mM SODIUM PHOSHATE, PH 6.0, 90% H2O, 10% D2O
30.5 mM, 15N,13C-labelled10 mM SODIUM PHOSHATE, PH 6.0, 100% D2O
40.5 mM, 15N,13C-labelled10 mM SODIUM PHOSHATE, PH 6.0, 90% H2O, 10% D2O
50.5 mM, 15N,13C-labelled10 MM SODIUM SUCCINATE, PH 6.0, 14 MG/ML PF1 BACTERIAPHAGE, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110mM 61 atm298 K
210mM 61 atm278 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR2.9.7Clore, G.M. & Kuszewski, J.構造決定
NMRPipe2.3F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
Sparky3.11T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
XwinNMR3Brukercollection
X-PLOR2.9.7Clore, G.M. & Kuszewski, J.精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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