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万見
- PDB-2fcc: Crystal Structure of T4 Pyrimidine Dimer Glycosylase (T4-Pdg) Cov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fcc
タイトルCrystal Structure of T4 Pyrimidine Dimer Glycosylase (T4-Pdg) Covalently Complexed with a DNA Substrate Containing Abasic Site
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*(BRU)P*(BRU)P*CP*AP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*GP*G)-3')
  • Endonuclease V
キーワードHYDROLASE / T4-Pdg / Pyrimidine Dimer / DNA repair / endonuclease / enzyme-DNA complex / covalent intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine endonucleosidase / pyrimidine dimer DNA N-glycosylase activity / deoxyribodipyrimidine endonucleosidase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease activity / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / T4 endonuclease V / Pyrimidine dimer DNA glycosylase / Pyrimidine dimer DNA glycosylase, endonuclease V type / T4 endonuclease V / Pyrimidine dimer DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Golan, G. / Zharkov, D.O. / Fernandes, A.S. / Dodson, M.L. / McCullough, A.K. / Grollman, A.P. / Lloyd, R.S. / Shoham, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of T4 Pyrimidine Dimer Glycosylase in a Reduced Imine Covalent Complex with Abasic Site-containing DNA.
著者: Golan, G. / Zharkov, D.O. / Grollman, A.P. / Dodson, M.L. / McCullough, A.K. / Lloyd, R.S. / Shoham, G.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*(BRU)P*(BRU)P*CP*AP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*(BRU)P*(BRU)P*CP*AP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*GP*G)-3')
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,48610
ポリマ－48,1106
非ポリマー3764
水3,297183
1
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*(BRU)P*(BRU)P*CP*AP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*GP*G)-3')
A: Endonuclease V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3396
ポリマ－24,0553
非ポリマー2843
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*(BRU)P*(BRU)P*CP*AP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*GP*G)-3')
B: Endonuclease V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1474
ポリマ－24,0553
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.059, 184.059, 100.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3863.531 Da / 分子数: 2 / 断片: ds oligonucleotide containing AP site / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized.
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*(BRU)P*(BRU)P*CP*AP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*GP*G)-3')


分子量: 4218.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Endonuclease V


分子量: 15973.376 Da / 分子数: 2 / 断片: T4-PDG / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: denV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AB2480 / 参照: UniProt: P04418, EC: 3.1.25.1

-
非ポリマー , 3種, 187分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M sodium citrate buffer (pH 6.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9188 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 81403 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.393 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VAS

1vas


解像度: 2.3→39.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 464806.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 4032 5 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 81403 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1503 Å2 / ksol: 0.332785 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20.6 Å20 Å2
2--2.36 Å20 Å2
3----4.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 1036 22 183 3495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 602 4.8 %
Rwork0.289 11988 -
obs--89.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna-ped.paramdna-rna-ped.top
X-RAY DIFFRACTION3gol.pargol.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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