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- PDB-2fbo: Crystal Structure of the Two Tandem V-type Regions of VCBP3 (v-re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fbo
タイトルCrystal Structure of the Two Tandem V-type Regions of VCBP3 (v-region-containing chitin binding protein) to 1.85 A
要素variable region-containing chitin-binding protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / VCBP / chitin binding protein / v-type / v set
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Jakoncic, J. / Cannon, J.P. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2006
タイトル: Ancient evolutionary origin of diversified variable regions demonstrated by crystal structures of an immune-type receptor in amphioxus
著者: Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Allaire, M. / Jakoncic, J. / Stojanoff, V. / Cannon, J.P. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.
履歴
登録2005年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: variable region-containing chitin-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2881
ポリマ－27,2881
非ポリマー00
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.597, 109.597, 48.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 variable region-containing chitin-binding protein 3 / VCBP3 tandem V regions / V1V2


分子量: 27288.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I9N0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 1.7M Na Formate, 100 mM Na citrate, 200 mM MgCl, step soaking into 20% ethylene glycol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9192 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月13日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9192 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.9 % / 数: 52447 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.164 / D res high: 1.87 Å / D res low: 30 Å / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.073099.110.0381.5566.2
4.035.0799.810.041.5766.4
3.524.0310010.0421.6066.4
3.23.5210010.0451.5566.5
2.973.210010.0491.4336.5
2.792.9710010.0591.2076.5
2.652.7910010.0651.1546.5
2.542.6510010.0751.0846.5
2.442.5410010.0851.0726.5
2.362.4410010.091.056.5
2.282.3610010.1041.0226.5
2.222.2810010.1081.0386.5
2.162.2210010.1260.9646.5
2.112.1610010.1470.9716.4
2.062.1110010.1630.9286.2
2.012.0610010.180.925.8
1.972.0199.910.2010.9265.1
1.941.9798.210.2060.8554
1.91.9490.610.2210.8543.1
1.871.97710.2480.8092.6
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 28179 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.988
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.8830.33212270.48884.3
1.88-1.923.60.30912430.55889.4
1.92-1.9540.25813080.55190
1.95-1.994.40.25313720.51896.9
1.99-2.044.80.25914030.50897.6
2.04-2.085.60.29814070.67499.6
2.08-2.146.90.2714300.55699.3
2.14-2.198.60.27114290.609100
2.19-2.2610.60.26414290.69199.9
2.26-2.3312.90.25314460.69499.9
2.33-2.4114.80.2214130.747100
2.41-2.5115.70.20614430.808100
2.51-2.6215.80.17614330.874100
2.62-2.7615.80.13414291.037100
2.76-2.9315.70.10614461.178100
2.93-3.1615.20.08114601.331100
3.16-3.4814.50.06314321.42100
3.48-3.9814.40.05314581.388100
3.98-514.30.04614741.301100
5-2014.20.0414971.2299.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se19.7830.1210.48400.462
2Se43.3950.9250.3460.10.441
Phasing dmFOM : 0.59 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.61 / 反射: 25970 / Reflection acentric: 24673 / Reflection centric: 1297
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.3-28.7680.930.940.8812311047184
3.3-5.30.930.940.8236863395291
2.7-3.30.810.810.6645534298255
2.3-2.70.630.640.5245334338195
2-2.30.420.430.3778377560277
1.9-20.20.20.24130403595

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1275 4.4 %Random
Rwork0.228 ---
all0.239 28165 --
obs0.239 28165 97.8 %-
溶媒の処理Bsol: 107.977 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 31.314 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.577 Å2-2.56 Å20 Å2
2---2.577 Å20 Å2
3---5.153 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1891 0 0 277 2168
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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