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万見
- PDB-2fbe: Crystal Structure of the PRYSPRY-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fbe
タイトルCrystal Structure of the PRYSPRY-domain
要素PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / dimer / jellyroll beta-sandwich fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin protein ligase activity / regulation of gene expression / innate immune response / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RDM domain, Ret finger protein-like / Ret finger protein-like, SPRY/PRY domain / RFPL defining motif (RDM) / zinc finger of C3HC4-type, RING / SPRY domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain ...RDM domain, Ret finger protein-like / Ret finger protein-like, SPRY/PRY domain / RFPL defining motif (RDM) / zinc finger of C3HC4-type, RING / SPRY domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ret finger protein-like 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Gruetter, C. / Briand, C. / Capitani, G. / Mittl, P.R. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: Structure of the PRYSPRY-domain: Implications for autoinflammatory diseases
著者: Gruetter, C. / Briand, C. / Capitani, G. / Mittl, P.R. / Papin, S. / Tschopp, J. / Gruetter, M.G.
履歴
登録2005年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1
B: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1
C: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1
D: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7274
ポリマ－89,7274
非ポリマー00
水3,747208
1
A: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4321
ポリマ－22,4321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4321
ポリマ－22,4321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4321
ポリマ－22,4321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4321
ポリマ－22,4321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.220, 77.220, 297.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細PRYSPRY can form a dimer at high concentration and shows a dimer in the crystal structure. The biological assembly could be a monomer or a dimer.

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要素

#1: タンパク質
PREDICTED: similar to ret finger protein-like 1


分子量: 22431.736 Da / 分子数: 4 / 断片: PRYSPRY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: gene 19q13.4.1 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 51474829, UniProt: A6NLU0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.55M KSCN, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA10.8999
シンクロトロンSLS X06SA20.9786, 0.9793, 0.9001
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2005年8月14日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2005年8月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.89991
20.97861
30.97931
40.90011
反射解像度: 2.52→40 Å / Num. all: 31707 / Num. obs: 30566 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.52→2.61 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3059 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.52→30.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2409019.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1502 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 30329 96.1 %-
all-31560 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.96 Å2 / ksol: 0.290646 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.63 Å20 Å20 Å2
2--2.63 Å20 Å2
3----5.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→30.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6078 0 0 208 6286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 258 5.1 %
Rwork0.324 4842 -
obs--99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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