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万見
- PDB-2fae: Crystal structure of E. coli decanoyl-ACP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fae
タイトルCrystal structure of E. coli decanoyl-ACP
要素Acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / acyl carrier protein / acyl chain binding / fatty acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PM8 / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Roujeinikova, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Studies of Fatty Acyl-(Acyl Carrier Protein) Thioesters Reveal a Hydrophobic Binding Cavity that Can Expand to Fit Longer Substrates.
著者: Roujeinikova, A. / Simon, W.J. / Gilroy, J. / Rice, D.W. / Rafferty, J.B. / Slabas, A.R.
履歴
登録2005年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.02025年2月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_modification_feature.auth_comp_id / _pdbx_modification_feature.category / _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom / _pdbx_modification_feature.label_comp_id / _pdbx_modification_feature.ref_comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,54512
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,51610
水4,270237
1
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4699
ポリマ－8,5141
非ポリマー9548
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0763
ポリマ－8,5141
非ポリマー5622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,09024
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,03320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_666-x+1,-y+1,z+11
Buried area4910 Å2
ΔGint-301 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
4
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,09024
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,03320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-352 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
5
A: Acyl carrier protein
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,09024
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,03320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-315 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
6
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,09024
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,03320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
crystal symmetry operation2_766-x+2,-y+1,z+11
Buried area3860 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
7
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,09024
ポリマ－34,0574
非ポリマー3,03320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
8
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,54512
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,51610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
9


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
10
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,54512
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,51610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
11
A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,93718
ポリマ－17,0292
非ポリマー1,90916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.248, 107.497, 28.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

ZN

21A-443-

HOH

31A-486-

HOH

41A-523-

HOH

51B-447-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 8514.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PM8 / S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE


分子量: 496.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N2O7PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8-12% PEG 4000, 30 mM zinc acetate, 50 mM sodium cocadylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→15 Å / Num. obs: 18488 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1396 / % possible all: 67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1L0I

1l0i


解像度: 1.55→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 881 4.1 %5% omitted at random
Rwork0.214 ---
obs-18093 84.4 %-
溶媒の処理Bsol: 76.755 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 17.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.668 Å20 Å20 Å2
2---0.317 Å20 Å2
3---3.985 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 44 237 1475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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