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万見
- PDB-2f96: 2.1 A crystal structure of Pseudomonas aeruginosa rnase T (Ribonu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f96
タイトル2.1 A crystal structure of Pseudomonas aeruginosa rnase T (Ribonuclease T)
要素Ribonuclease T
キーワードStructural genomics / Hydrolase / RNASE / RNT / RNASE T / RIBONUCLEASE T / TRNA HYDROLASE / SAD / PSI / MCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / DNA replication proofreading / tRNA processing / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Zheng, H. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Wang, Y. / Gorodichtchenskaia, E. / Skarina, T. / Guthrie, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. ...Zheng, H. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Wang, Y. / Gorodichtchenskaia, E. / Skarina, T. / Guthrie, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
著者: Zuo, Y. / Zheng, H. / Wang, Y. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Malhotra, A. / Minor, W.
履歴
登録2005年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease T
B: Ribonuclease T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2094
ポリマ－50,1602
非ポリマー492
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.879, 76.636, 61.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: MSE / End label comp-ID: MSE / Auth seq-ID: 19 - 220 / Label seq-ID: 19 - 220

Dom-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-ID
116AA
216BB
124AA
224BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease T / Exoribonuclease T / RNase T


分子量: 25080.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: rnt, PA3528 / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD MAGIC (DE3)
参照: UniProt: Q9HY82, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, 25% W/V, MG CHLORIDE 0.2 M BIS-TRIS 0.3M NDSB 256, , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月17日 / 詳細: SI 111 CHANNEL
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 27229 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 17.93
反射 シェル解像度: 2.09→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2.567 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SOLVERESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
Oモデル構築
Cootモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-3000位相決定
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.999 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20448 1366 5 %RANDOM
Rwork0.15775 ---
obs0.16013 25803 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3099 0 2 230 3331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9414285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77336668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6785402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.57622.535142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.28915505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2251525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.22666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21865
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0810.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0690.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.43332146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6073829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.10253161
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.73181294
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.618111124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / 数: 2980 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
2medium positional0.520.5
1loose positional0.525
2medium thermal0.882
1loose thermal0.8810
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.147 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 97 -
Rwork0.195 1749 -
obs--93.19 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.289 Å / Origin y: 32.182 Å / Origin z: 42.884 Å
111213212223313233
T-0.1787 Å2-0.0071 Å2-0.0076 Å2--0.1152 Å20.0027 Å2--0.1512 Å2
L0.5065 °2-0.0595 °2-0.0011 °2-0.3493 °20.0691 °2--1.3162 °2
S0.0121 Å °-0.0014 Å °-0.0022 Å °-0.024 Å °0.0283 Å °-0.0619 Å °0.0125 Å °0.08 Å °-0.0403 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA19 - 22019 - 220
2X-RAY DIFFRACTION1BB19 - 22019 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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