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- PDB-2f95: M intermediate structure of sensory rhodopsin II/transducer compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f95
タイトルM intermediate structure of sensory rhodopsin II/transducer complex in combination with the ground state structure
要素
  • Sensory rhodopsin II
  • Sensory rhodopsin II transducer
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN COMPLEX / SIGNAL TRANSDUCTION / PHOTOCYCLE STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / lysozyme activity / monoatomic ion channel activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / Bacterial rhodopsins retinal binding site. / HAMP domain profile. / HAMP domain / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Moukhametzianov, R.I. / Klare, J.P. / Efremov, R.G. / Baecken, C. / Goeppner, A. / Labahn, J. / Engelhard, M. / Bueldt, G. / Gordeliy, V.I.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Development of the signal in sensory rhodopsin and its transfer to the cognate transducer.
著者: Moukhametzianov, R. / Klare, J.P. / Efremov, R. / Baeken, C. / Goppner, A. / Labahn, J. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.I.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Molecular basis of transmembrane signalling by sensory rhodopsin II - transducer complex
著者: Gordeliy, V.I. / Labahn, J. / Moukhametzianov, R.I. / Efremov, R.G. / Granzin, J. / Schlesinger, R. / Bueldt, G. / Savapol, T. / Scheidig, A.J. / Klare, J.P. / Engelhard, M.
履歴
登録2005年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin II
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3364
ポリマ－43,7592
非ポリマー5772
水59433
1
A: Sensory rhodopsin II
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子

A: Sensory rhodopsin II
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6728
ポリマ－87,5184
非ポリマー1,1544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.620, 46.900, 53.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
モデル数2
詳細Biological unit is thought to consist of one ground state complex of sensory rhodopsin II/transducer and one M state complex which is positioned relative to ground state by application of two fold operator: 1-x, -y, z

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要素

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin II / SR-II


分子量: 26534.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / プラスミド: PET27BMOD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42196
#2: タンパク質 Sensory rhodopsin II transducer / HTR-II / Methyl-accepting phototaxis protein II / MPP-II


分子量: 17224.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: htr2, htrII / プラスミド: PET27BMOD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42259
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.6 %
結晶化温度: 296 K / pH: 5.8
詳細: 150 MM NACL, 25 MM NAKPI 5.1 0.8% B-OCTYLGLUCOSID , MONOVACCENIN (CUBIC PHASE) PRECIPITATED BY 1 M NA/KPI 5.8 ,in cubic lipidic phase, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月20日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→22.01 Å / Num. all: 16493 / Num. obs: 16147 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1H2S

1h2s


解像度: 2.2→22.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2058714.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: MODEL USED FOR REFINEMENT CONSISTS OF GROUND STATE COMPLEX (ALTERNATIVE CONFORMATION INDICATOR A AT POSITION 17) AND M STATE COMPLEX (ALTERNATIVE CONFORMATION INDICATOR B AT POSITION 17) WITH ...詳細: MODEL USED FOR REFINEMENT CONSISTS OF GROUND STATE COMPLEX (ALTERNATIVE CONFORMATION INDICATOR A AT POSITION 17) AND M STATE COMPLEX (ALTERNATIVE CONFORMATION INDICATOR B AT POSITION 17) WITH CORRESPONDING OCCUPANCIES. GROUND STATE MODEL WAS FIRST REFINED AGAINST THE GROUND STATE DATA AND THEN THE M STATE MODEL WAS REFINED WITH GROUND STATE MODEL FIXED AGAINST THE ILLUMINATED CRYSTAL DATA
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 767 4.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.219 16147 --
obs0.217 15688 94 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.764 Å2 / ksol: 0.347059 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.38 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----4.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2020 0 40 33 2093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.32.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 74 4.8 %
Rwork0.24 1466 -
obs--94.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2BOG.PARBOG.TOP
X-RAY DIFFRACTION3RETINAL.PARRETINAL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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