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万見
- PDB-2f8p: Crystal structure of obelin following Ca2+ triggered bioluminesce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8p
タイトルCrystal structure of obelin following Ca2+ triggered bioluminescence suggests neutral coelenteramide as the primary excited state
要素Obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / helix-turn-helix / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF hand / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...: / EF hand / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Stepanyuk, G.A. / Vysotski, E.S. / Lee, J. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of obelin after Ca2+-triggered bioluminescence suggests neutral coelenteramide as the primary excited state.
著者: Liu, Z.J. / Stepanyuk, G.A. / Vysotski, E.S. / Lee, J. / Markova, S.V. / Malikova, N.P. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structure of the Ca2+-Regulated Photoprotein Obelin at 1.7 Resolution Determined Directly From its Sulfur Substructure
著者: Liu, Z.J. / Vysotski, E.S. / Chen, C.J. / Rose, J.P. / Lee, J. / Wang, B.C.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: Structural Basis for the Emission of Violet Bioluminescence from a W92F Obelin Mutant
著者: Deng, L. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J. / Markova, S.V. / Malikova, N.P. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.C.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Violet Bioluminescence and Fast Kinetics from W92F Obelin: Structure-Based Proposals for the Bioluminescence Triggering and the Identification of the Emitting Species
著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.J. / Markova, S.V. / Blinks, J.R. / Deng, L. / Frank, L.A. / Herko, M. / Malikova, N.P. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Lee, J.
#4: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Atomic Resolution Structure of Obelin: Soaking with Calcium Enhances Electron Density of the Second Oxygen Atom Substituted at the C2-Position of Coelenterazine
著者: Liu, Z.J. / Vysotski, E.S. / Deng, L. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.C.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a Ca2+-discharged photoprotein: implications for mechanisms of the calcium trigger and bioluminescence
著者: Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.C.
履歴
登録2005年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7715
ポリマ－22,2391
非ポリマー5324
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.260, 64.260, 63.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Obelin / OBL


分子量: 22238.904 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / 遺伝子: OBELIN / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CEI / N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE / COELENTERAMIDE / セレンテラミド


分子量: 411.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.5
詳細: 2% PEG 400, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-Na , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9725
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月8日
放射モノクロメーター: SI 2 2 0 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→64.28 Å / Num. obs: 17133 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 17.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SL7

1sl7


解像度: 1.93→28.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.161 / SU ML: 0.095 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22997 844 5 %RANDOM
Rwork0.19043 ---
obs0.1924 15977 86.71 %-
all-17133 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1529 0 34 136 1699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.9582161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5455189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9724.69181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10215271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.043158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1620.29
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.5971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62121505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6813741
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2434.5656
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 24 -
Rwork0.25 460 -
obs--33.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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