[日本語] English
万見
- PDB-2f84: Crystal Structure of an orotidine-5'-monophosphate decarboxylase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f84
タイトルCrystal Structure of an orotidine-5'-monophosphate decarboxylase homolog from P.falciparum
要素orotidine monophosphate decarboxylase
キーワードLYASE / orotidine / OMP / decarboxylase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Caruthers, J.M. / Robein, M. / Merritt, E.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an orotidine-5'-monophosphate decarboxylase homolog from Plasmodium falciparum
著者: Caruthers, J.M. / Robein, M. / Zucker, F. / Mehlin, C. / Luft, J. / Boni, E. / Lauricella, A. / Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2005年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: orotidine monophosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9612
ポリマ－37,8661
非ポリマー951
水2,162120
1
A: orotidine monophosphate decarboxylase
ヘテロ分子

A: orotidine monophosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9224
ポリマ－75,7322
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.911, 69.057, 69.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 orotidine monophosphate decarboxylase


分子量: 37866.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: NC_004314 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star
参照: UniProt: Q8IJH3, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 100mM Ammonium Phosphate, 18% PEG 1000, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9818
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月15日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→69.74 Å / Num. obs: 22698 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 2896 / Rsym value: 0.785 / % possible all: 85.8

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.466 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.5
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQW.pdb

2aqw


解像度: 2.1→18.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 14.873 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 987 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.23 22698 --
obs0.23 19766 96.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 5 120 2787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9583670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.335322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.74525.745141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68515505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.772156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21922
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8861.51670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41222613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05231219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8154.51057
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 67 -
Rwork0.256 1264 -
obs-1331 90.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.914 Å / Origin y: 44.287 Å / Origin z: 11.015 Å
111213212223313233
T0.1532 Å20.0698 Å2-0.0258 Å2-0.0915 Å20.0387 Å2---0.2075 Å2
L0.4022 °2-0.0862 °2-0.0346 °2-0.7558 °20.0757 °2--0.2276 °2
S0.1117 Å °0.1387 Å °0.093 Å °-0.1932 Å °-0.0869 Å °0.0423 Å °-0.0261 Å °0.0147 Å °-0.0248 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る