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- PDB-2f7f: Crystal structure of Enterococcus faecalis putative nicotinate ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f7f
タイトルCrystal structure of Enterococcus faecalis putative nicotinate phosphoribosyltransferase, NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM
要素nicotinate phosphoribosyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase activity / NAD salvage / glycosyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinate phosphoribosyltransferase pncB-type / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family ...Nicotinate phosphoribosyltransferase pncB-type / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / NICOTINIC ACID / Nicotinate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Enterococcus Faecalis Nicotinate Phosphoribosyltransferase
著者: Patskovsky, Y. / Almo, S.C.
履歴
登録2005年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nicotinate phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,88213
ポリマ－56,6011
非ポリマー1,28112
水7,026390
1
A: nicotinate phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子

A: nicotinate phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,76326
ポリマ－113,2022
非ポリマー2,56224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.325, 110.627, 154.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-945-

HOH

詳細Homodimer. The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, -y, z.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 nicotinate phosphoribosyltransferase, putative


分子量: 56600.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF2626 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q830Y8, EC: 2.4.2.11

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非ポリマー , 5種, 402分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 2 M AMMONIUM SULFATE, 10% GLYCEROL, PH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 41720 / Num. obs: 41577 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4095 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YTD

1ytd


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.821 / SU ML: 0.106 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21362 1308 3.2 %RANDOM
Rwork0.17066 ---
all0.2213 41264 --
obs0.17203 40207 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--1.63 Å20 Å2
3----1.71 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.087 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3884 0 73 390 4347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.975581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.125502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70324.663208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93615713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0851524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2260.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.31878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.52800
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.5578
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.3143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.16422511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.76333939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20721823
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.86831632
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 96 -
Rwork0.239 2925 -
obs-2925 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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