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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f6p | ||||||
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タイトル | BenM effector binding domain- SeMet derivative | ||||||
![]() | HTH-type transcriptional regulator benM | ||||||
![]() | GENE REGULATION / LTTR / lysR-type transcriptional regulator / inducer binding domain / effector binding domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clark, T. / Haddad, S. / Ezezika, O. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator. 著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C. #1: ![]() タイトル: Crystallization of the effector-binding domains of BenM and BenM, LysR-type transcriptional regulators from Acinetobacter sp. ADP1. 著者: Clark, T. / Haddad, S. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit (effector binding domain) is the dimer in the asymmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26682.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ADP1 / 遺伝子: benM, benR / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: microbatch under oil 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, NaCl, tris, glycerol, imidazole, microbatch under oil, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→58.926 Å / Num. obs: 35252 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 24.31766 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 49.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. measured obs: 3427 / Num. unique all: 3427 / Χ2: 0.696 / % possible all: 98.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.54 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.52 / 反射: 33118 / Reflection acentric: 29880 / Reflection centric: 3238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.413 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→58.926 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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